17 апреля 1951 года М. Максудов становится министром здравоохранения Дагестана, оставаясь по совместительству в должности доцента кафедры госпитальной хирургии. На протяжении 8 лет (1951-1959) он возглавлял главную службу по охране здоровья людей. Именно при нем были заново созданы специализированные службы, открыты 15 новых больниц, несколько диспансеров, более 600 фельдшерско-акушерских пунктов. Открылись инфекционная больница на 100 коек в Махачкале, детская больница в Буйнакске, туберкулезная больница в Дербенте, республиканская бруцеллезная больница на горячих каякентских источниках, республиканские трахоматозный и психоневрологический диспансеры, новый стоматологический комплекс с поликлиникой и стационаром. При республиканской стоматологической поликлинике создано специальное отделение детской стоматологии. А отделение челюстно-лицевой хирургии, возглавляемое им, по производимым операциям, профессиональному авторитету являлось ведущим, головным центром этого профиля на Северном Кавказе. Здесь лечились тяжелейшие больные из многих республик и областей нашей страны.

15 декабря 1959 года Магомед Магомедович назначается ректором мединститута. В 1968 году утверждается в звании профессора. Четверть века (до 1984 года) он возглавляет один из самых престижных вузов республики и одновременно заведует кафедрой стоматологии (1967-1973), затем кафедрой хирургической стоматологии (1973-1989).

Для развития института за 25 лет им сделано очень много. Открываются новые отделения и факультеты: в 1964 году — вечернее отделение лечебного факультета, в 1965 — стоматологический, в 1968 — педиатрический факультеты, в 1974 — подготовительное отделение, в 1983 — факультет усовершенствования врачей. Значительно расширяется материально-техническая база: построены 3 студенческих общежития на 1400 мест, морфологический корпус, спортивный комплекс, студенческое кафе «Айболит», спортивно-оздоровительный лагерь; завершено строительство биологического корпуса; начато строительство учебно-лабораторных корпусов на проспекте им. М. Калинина. За этот период подготовлено 25 докторов и 130 кандидатов наук.

Развитие научной стоматологии в Дагестане делится на три этапа: первый связан с военным и послевоенным периодами (1941-1964); второй — с открытием стоматологического факультета при Дагестанском государственном медицинском институте (1965-1980) и формированием профильных кафедр факультета: третий охватывает период после 1980 года и связан с формированием научного потенциала из выпускников стоматологического факультета. Во главе практической и научной стоматологии стоит замечательный человек, специалист высочайшей квалификации, профессор М. Максудов.

Огромный теоретический и практический интерес представляет его научная деятельность. Им опубликовано около ста работ, посвященных актуальным проблемам науки и практики здравоохранения, в том числе и монографии. Ранние работы М. Максудова посвящены исследованию военных челюстно-лицевых травм. В них анализируются причины вторичных кровотечений при огнестрельных ранениях челюстей и даются рекомендации по их предупреждению и лечению. Цикл последующих работ М. Максудова посвящен восстановительной хирургии мягких тканей лица с использованием местных тканей и филатовского стебля. Разработанные автором модификации различных приемов формирования носа Филатовским стеблем позволяют добиться хороших анатомических и функциональных результатов. В числе первых М. Максудов для опоры мягких тканей носа применяет трансплантаты из костной и хрящевой тканей.

Большое практическое значение приобрели труды М. Максудова по пластике мягких тканей лица местными тканями при приобретенных и врожденных дефектах лица. Им предложена модификация операции хейлопластики при врожденных расщелинах верхней губы, отличающаяся преимуществами перед уже известными.

Много лет целенаправленного труда посвящает М. Максудов изучению трудной проблемы аллотрансплантации зубных зачатков. В 1967 году он успешно защитил докторскую диссертацию на тему: «Материалы к гомотрансплантации зубных зачатков», а в 1970 году опубликовал монографию «Гомотрансплантация зубных зачатков». Эта работа послужила новому, качественному развитию стоматологии. Значительным явился разработанный и примененный на практике новый способ аллотрансплантации зубных зачатков, зарегистрированный как изобретение (авторское свидетельство № 639536).

Научные поиски М. Максудова в области хирургической стоматологии характеризуют его как прекрасного клинициста-хирурга, как создателя нового направления в стоматологии. Под его руководством многие аспиранты защитили кандидатские диссертации.

Заслуги профессора М. Максудова высоко оценены Родиной. Он награжден двумя орденами Трудового Красного Знамени, орденом «Знак Почета», восемью медалями СССР, значками «Отличник здравоохранения СССР», «Отличник высшей школы». Ему присвоены почетные звания заслуженного врача ДАССР, заслуженного врача РСФСР, заслуженного деятеля науки ДАССР и заслуженного деятеля науки РСФСР.

М. Максудов был человеком неординарным. У него был свой, неписаный, но строго соблюдаемый кодекс поведения и взаимоотношений с людьми, сформированный из сложного переплетения извечных человеческих, а может быть, и религиозных ценностей, горского этикета и личного опыта. А результатом этого кодекса стали безупречная логика, железная дисциплина, весомое слово и твердая воля.