Родился в 1900 году в деревне Борисовка Рославльского уезда Смоленской губернии. Женился на Наталье Аверьяновне Борисовой. В Гражданскую войну воевал в 3-й стрелковой дивизии. 

В августе 1931 года по рекомендации партийной ячейки Е. Д. Макаренков был назначен на должность милиционера Стодолищенского РО РКМ. В 1937 году был повышен до участкового уполномоченного. В связи со службой в милиции ему вместе с семьей часто приходилось перезжать и менять место жительства: поселок Стодолище, деревня Галеевка, поселок Красное Знамя.

После начала Великой Отечественной войны Е. Д. Макаренков в соответствии с установками РО УНКВД организовал подразделения истребительного батальона на подведомственном ему участке. 16 июля 1941 года боевая группа под его командованием приняла бой с немецкими захватчиками, двигавшимися на Новую Рудню. В конце июля 1941 года по заданию Стодолищенского райкома ВКП (б) Е. Д. Макаренков был оставлен на оккупированной территории для ведения диверсионных действий против фашистов и возглавил Краснознаменскую подпольно-диверсионную группу.

Подпольщики взорвали склад вражеских боеприпасов в Новой Рудне, совершили диверсии на торфопредприятиях «Зольницкое», «Поттевище» и «Долгий Мост», сожгли на дальних клетках штабеля торфа, чтобы лишить немецкую армию топлива, уничтожили локомобиль. Они спилили большое число телефонных опор на Хиславичи и уничтожили много километров кабеля, нарушая связь врага, сожгли несколько стратегических мостов.

Партизаны, уничтожали живую силу противника, помогали выходить за линию фронта бойцам и командирам Красной Армии, оказавшимся в окружении. На чердаке дома, где жила семья Е. Д. Макаренкова, подпольщики установили радиоприемник и распространяли на оккупированной территории сводки с фронта, которые передавались местными жителями из уст и в уста.

В конце октября 1941 года Е. Д. Макаренков и большинство участников возглавляемой им подпольно-диверсионной группы были схвачены фашистами и подвергнуты пыткам в Стодолищенском гестапо. 2 ноября 1941 года в поселке Красное Знамя Е. Д. Макаренков и комиссар диверсионной группы В. И. Гузиков были повешены карателями. Остальных партизан фашисты расстреляли. Под страхом смертной казни фашисты запретили хоронить казненных в течение трех дней. Семья Ефима Демьяновича и другие жители поселка нарушили приказ оккупантов и в ту же ночь похоронили погибших героев на деревенском кладбище.

После гибели мужа Наталье Аверьяновне вместе с детьми пришлось пережить все ужасы немецкой оккупации. Дочь Мария была угнана на принудительные работы в Германию (вернулась домой в августе 1945 года). В сентябре 1943 поселок Красное Знамя был освобожден Красной Армией.

Ефим Демьянович Макаренков посмертно награжден медалью «За боевые заслуги». В 1967 году на месте казни партизан Краснознаменской подпольно-диверсионной группы в поселке Красное Знамя был установлен памятник. Его фамилия высечена на мемориальной доске памятника «Солдатам правопорядка, погибшим при исполнении служебного долга», который был открыт 6 ноября 2014 года возле Культурного центра УМВД в городе Смоленске, вместе с фамилиями других героев.