Призывался в 1941 году Киселевским Районным военным комиссариатом. В боевых действиях с 27 апреля 1942 года на Западном 3-м Белорусском фронте. Боевой путь  начал из Киселевского РВК, далее его перебросили через Урал, по югу России на территорию Украины. Был назначен командиром ординарцем коноводом 72 стрелкового корпуса. Дослужился до звания сержант. 27 июня 1944 года под деревней Погары (территория современной Брянской области) на него напала группировка немцев. Лысенко П.И. с группой бойцов в 10 человек принял неравный бой. Он занял оборону и вел перестрелку с противником. Лично убил немецкого солдата. Создали панику в среде противника,  задержали противника до подхода нашего подкрепления. За это был награжден  медалью «За боевые заслуги». В период наступательных  операциях его стрелковый корпус дошел до Литвы и до летом 1944 г. на подступах к городу Инстербургу (ныне Черняховск Калининградской области) в поместье была обнаружена группа немецких солдат. Товарищ Лысенко Прохор Ильич вместе с командиром  взвода Чикуновым и другими товарищами (всего 7 человек) полностью уничтожили немецкую группировку, тем самым очистили путь для наших воинских частей. За это он также был награжден медалью «За отвагу».  После наступательных боев в Литве, Латвии, Эстонии, 72 стрелковый корпус было приказано дислоцировать на Дальний восток. Будучи командиром отделения в боевых операциях в Манчжурии против японских захватчиков проявил образец мужества и отваги, был назначен ответственным за весь конский состав и обоз. Несмотря на трудности передвижения (грязь, бездорожье) довел до самого города Турина в отличном состоянии лошадей. За период боевых действий в Манчжурии трижды попадал под пулеметный обстрел противника. Не считаясь ни с чем, достойно выполнил порученное заданием. За это награжден орденом «За отвагу».