Призван на срочную военную службу 8 сентября 1940 года. Направлен  в Западную Белоруссию 398 отдельный легкий инженерный батальон. Пленён 24 июля 1941 года. Прошёл через все ужасы  концлагерей. Три его  побега  не удались. При третьей попытке  бежать он, незамеченным исчез  из «Зондеркоманды – 44» через трубу водостока  в каменоломнях «Кайзерштрейнбух». Ночью в горох он  упал со скалы, повредив позвоночник, и  потерял сознание. К счастью, его подобрал  старый австриец  и доставил  в  Оберпуллендорфский  госпиталь международного Красного Креста  находившиеся  в нём врачи, противники фашизма,  не устрашились  эсесовцев, угрожавших  казнью любому  за укрытие  советских военнопленных. Лисин был вылечен  и с помощью  тайного содружества  заключённых французов, ему удалось  совершить  четвёртый, на этот раз удачный,  побег,  в результате  которого  Н.И. Лисину удалось  встретиться  с советской  воинской частью, получить оружие  и снова стать  бойцом Красной  Армии.

Награжден медалью «За Победу над Германией»