В должности командира взвода дивизионной разведки Северо-Западного фронта встретил начало Великой Отечественной войны, неоднократно ходил в разведку в тыл врага. С июня по октябрь 1941 г. он захватил и доставил в штаб живыми 36 немецких «языков». В октябре 1941 г. под Старой Руссой Е. С. Кузьмин вместе со своим взводом разведчиков выводил полк их окружения, наступил на мину и потерял ногу. После выхода из госпиталя решил остаться в армии. Снова просился на фронт, но из-за отсутствия ноги ему было отказано.