В сентябре 1943г. назначен командиром звена 576 отдельной армейской авиационной эскадрильи (связи) 3 гвардейской армии. Командир- капитан Филимонов Николай Дмитриевич.

Части 3 гвардейской армии в этот период участвовали в Донбасской операции.

Владимир Данилович  совершил 23 боевых вылета на разведку и установление связи с частями армии.

Так, 10 сентября 1943г. экипаж: пилот капитан Купченко и штурман младший лейтенант Белов Николай Андреевич вылетели на самолете У-2 в район г.Славянск для установления связи с 266 стрелковой дивизией. На подлете к Славянску летчик увидел, что на восточной окраине города идет бой. Он решил произвести посадку в 2км. от города. Как только самолет совершил посадку, противник открыл по нему минометно-артиллерийский огонь. Вторым выстрелом самолет был подбит. Экипаж вышел из-под обстрела, нашел штаб дивизии в д.Каменка. передал приказ командующего армии. Через 6 суток экипаж вернулся в эскадрилью. Самолет, после овладения нашими частями Славянском, был восстановлен и возвращен в строй.

Приказом от 11 октября 1943г. капитан Купченко был награжден орденом Красной Звезды.

С января 1944г. 3 гвардейская армия участвовала в Никопольско-Криворожской операции.

В период операции капитан Купченко совершил 33 боевых вылета. Несмотря на распутицу и плохие метеорологические условия, все задания командования были им выполнены.

Приказом от 20 февраля 1944г. Владимир Данилович был награжден Отечественной войны II степени,

С 18 апреля 3 гвардейская армия участвовала в Львовско-Сандомирской операции.

В ноябре 1944г. за долголетнюю и безупречную службу капитан Купченко был награжден медалью «За боевые заслуги»

В январе-феврале 1945г. 3 гвардейская армия участвовала в разгроме островецко-оптавской группировки противника.

31 января 1945г. капитан Купченко произвел ночной разведывательный вылет в район Глогау на р.Одер. Несмотря на сильный зенитный огонь, задание было выполнено.

К началу февраля Владимир Данилович совершил 103 боевых вылета.

Приказом от 30 января 1945г. был награжден орденом Красного Знамени.

В апреле-мае 1945г. части армии участвовали в Берлинской операции, затем, в Пражской операции.

Капитан Купченко был уволен в запас 12 октября 1945г.