С 26 августа 1941 г. в городе Славгород и прилегающих к нему районов Алтайского края начала формироваться 380-я стрелковая дивизия. Крысин Яков Афанасьевич были призван Краснозерским РВК в данную стрелковую дивизию минометчиком 2 отдельного минометного девизиона. Дивизия принимала участие Ржевско-Вяземской наступательной операции 1942 года. После выгрузки в районе Осташкова Калининской области, совершив 200-километровый марш в район Нелидово. 21 февраля 1942 года с марша вступила в бой за населённые пункты Железница, Жиглица, Максимова Гора и другие в 30 километрах западнее Оленино.

После ожесточённых боёв, продолжавшихся в течение 9 марта — 19 апреля 1942 года, дивизия перешла к активной обороне на фронте Старухи — Травино — Малая Ивановка, и с 5 мая 1942 года на фронте Кострицы — Жерносеково — Тархово в 25-30 километрах юго-западнее Оленино, где и оборонялась до 2 июля 1942 года.

2 июля 1942 года дивизия попала под удар начатой немецкими войсками операции «Зейдлиц».

Дивизия в кровопролитных боях в начале июля была разгромлена, понеся общие потери 3 627 человек, из которых 2 852 — пропавшими без вести, и на 9 июля 1942 года занимала оборону в районе хутора Мята Калининской области. 

К 16 июля 1942 года дивизия была выведена в армейский резерв.

Яков Афанасьевич  21.07.1942 был признан без вести пропавшим. Впоследствии, данный статус был отменен и он продолжил боевой путь в составе одного из полков 380-й стрелковой дивизии.