К началу войны стрелок-бомбардир звена 121 скоростного бомбардировочного авиаполка.

Выполнил 9 боевых вылетов на бомбардировку моторизованных колонн и аэродромов противника в районы Бобруйск, Ново-Гудково, Солом, Жидковичи.

Участвовал в выполнении специального задания командующего 21 армии по сбросу зажигательной смеси на танки противника и лес у шоссе Рогачев- Бобруйск. 

12 июля 1941г. звено из трех самолетов СБ в 19-40 сбросило 300 бутылок смеси и подожгли лес западнее Жлобин.

Лейтенант Крапивников был награжден орденом Красной Звезды, но награду не получил.

С октября 1941г. по февраля 1942г.- в составе 625 ночного бомбардировочного авиаполка.

К маю 1942г. совершил 13 боевых вылетов на бомбардировку войск противника, 2 из них- ночные.

С мая 1942г.- штурман экипажа в составе сформированного 4 дальнего разведывательного авиационного полка (командир полка- майор Берман Семен Давидович, военком- батальонный комиссар Артемьев Борис Павлович (командир полка с января 1943г.). На вооружении полк имел самолеты Пе-2, Пе-3, впоследствии,  американские самолеты «Аэрокобра».

16 января 1943г. в составе экипажа лейтенант Самуйленко Георгия Захаровича выполнял разведку в районе Орла.

17 января- в районах Шаталово- Боровское- Рославль.

В 10 вылетах был обстрелян огнем зенитной артиллерии противника.

14 марта, выполняя задание, вел огонь по пытавшимся его атаковать 5 вражеским истребителям.

К концу апреля 1943г. лейтенант Крапивников выполнил 23 успешных боевых вылета на разведку.

Приказом от 26 мая 1943г. был награжден орденом Красного Знамени.

В июне 1943г. полк был преобразован в 98 отдельный гвардейский разведывательный авиаполк. Базировался на аэродроме Курск.

К июлю 1943г. Сергей Тимофеевич в составе 1 авиаэскадрильи полка (командир эскадрильи гвардии майор Плитка Григорий Саввич).

04 июля 1943г. экипаж: летчик гвардии лейтенант Самуйленко Георгий Захарович, штурман гвардии старший лейтенант Крапивников Сергей Тимофеевич, воздушный стрелок-радист гвардии старший сержант Мельниченко Леонид Варфоломеевич выполнил разведывательный вылет на самолете Пе-2.

07 июля 1943г., попав в облачность, экипаж был вынужден вернуться не свой аэродром, не выполнив задания.

09 июля 1943г. экипаж выполнил задание по аэроразведке.

13 июля 1943г. встретив сплошную облачность на Дмитриев-Льговским, экипаж был вынужден вернуться на свой аэродром через 33 мин. полета.

21 июля 1943г. экипаж выполнял разведку погоды, встретив многослойную облачность, вернулся через 1ч. 10 мин. полета.

22 июля 1943г.- выполнена разведка погоды в районе Льгов- Рыльск.

23 июля 1943г. экипаж выполнил задание по разведке войск противника в районе Сумы- Ровны- Бахмач.

25, 28 и 30 июля 1943г. задания по разведке экипажем выполнены. 

31 июля 1943г., вылетев на разведку погоды в районах Льгов- Рыльск- Севск, встретил в районе Льгова облачность и дождь, вернулся через 50 мин. полета.

01 августа 1943г. ведя разведку, был обнаружен двумя истребителями противника, вернулся через 1ч. 15мин. полета.

02 августа 1943г. задание по разведке выполнил частично. Из-за неисправностей материальной части вернулся через 1ч. 45 мин. полета.

03 августа 1943г. возвратился, встретив в районе Севска сплошную облачность. Через 5 часов экипаж совершил второй вылет. На высоте 6500м. из-за нехватки кислорода штурман Крапивников потерял сознание. Экипаж вернулся на свой аэродром.

05 и 06 августа 1943г. экипаж Самуйленко- Крапивников- Мельниченко задания по разведке выполнил.

07 августа 1943г. экипаж летчик гвардии лейтенант Самуйленко Георгий Захарович, летнаб гвардии лейтенант Крапивников Сергей Тимофеевич, воздушный стрелок-радист гвардии старшина Шкавров Иван Иванович на самолете Пе-2 (бортовой номер №46) с аэродрома Курск с 15-33 до 17-00 совершили полет с фотографированием оборонительных рубежей противника в районе Перекоп- Шаблынино.

08 августа 1943г. экипаж Самуйленко- Крапивников- Шкавров, вылетев в 06-57, вернулся в 08-08 из-за ухудшившихся погодных условий. Вторым вылетом (с 17-07 до 18-28) задания по фоторазведке района Кокаревка- Гаврилково- Супонево- Севск выполнил.

Гвардии старший лейтенант Крапивников совершил 54 успешных боевых вылета. Был представлен к ордену Красного Знамени, приказом от 25 сентября 1943г. награжден орденом Отечественной войны I степени.

11, 15 (2 вылета). 18 августа 1943г. экипаж Самуйленко- Крапивников- Мельниченко задания по разведке выполнил.

17 августа, встретив облачность в районе Рыльска, экипаж возвратился, не выполнив задания.

22 августа 1943г. экипаж Самуйленко- Крапивников выполнил успешный разведывательный вылет на самолете Пе-3.

28 августа 1943г. экипаж Самуйленко- Крапивников, вылетев на самолете Пе-3, был вынужден вернуться из-за плохих метеоусловий.

29 и 31 августа 1943г. экипаж Самуйленко- Крапивников выполнил успешные разведывательные вылеты на самолете Пе-3.

03 сентября 1943г. экипаж Самуйленко- Крапивников выполнил успешный разведывательный вылет на самолете Пе-3. 

06 сентября был обстрелян двумя истребителями Фокке-Вульф 190. Пулемет после 10 выстрела отказал. Летчик, совершив маневр, ушел от истребителей на свою территорию. Вторым вылетом выполнил задание.

08 сентября, встретив в районе разведку 2 вражеских истребителя, вернулся на свой аэродром.

09 и 13 сентября 1943г. экипаж Самуйленко- Крапивников выполнил успешные разведывательные вылеты на самолете Пе-3. 10 сентября вернулся из-за плохих метеоусловий. Посадку произвел на аэродроме Качановка, куда передислоцировалась эскадрилья.

14 сентября 1943г. экипаж Самуйленко- Крапивников в 40 км. юго-западнее Прилуки на высоте 6500м. был атакован истребителями противника. Вернулся на свой аэродром.

02, 03, 07, 08, 11, 12, 13, 24 октября 1943г. экипаж Самуйленко- Крапивников на самолете Пе-3 с аэродрома Конотоп выполнил боевые задания.

06 октября 1943г., частично выполнив задание по разведке, был атакован 4 истребителями Фокке-Вульф 190. Отстреливаясь, с пикированием ушел на свою территорию.

28 октября 1943г. экипаж гвардии старший лейтенант Самуйленко Георгий Захарович, штурман гвардии старший лейтенант Крапивников Сергей Тимофеевич, воздушный стрелок-радист гвардии старший сержант Бельский Юлий Владимирович с разведывательного вылета не вернулся.