Для Андрея Степановича война началась 25.06.1941 в 58 армейском запасном стрелковом полку 50-ой армии (Центральный фронт) в должности политрука роты связи. Место постоянной дислокации 58 зсп  г. Белёв. 58 полк был запасным, но в результате прорыва фронта он оказался на передовых рубежах и в составе 50-ой армии принимал активное участие в Тульской оборонительной операции, которая являлась составной частью битвы за Москву. Защищая Тулу, 12 ноября 1941 года Андрей Степанович был тяжело ранен в голову и до 18 января 1942 года находился на излечении в эвакуационных госпиталях. С 18.01.1942 по 04.1942 служил в 870 сп 287 стрелковой дивизии. За проявленный героизм в упорных кровопролитных боях у деревни Сивково получил свой первый орден Красной Звезды. Участвовал в боях за г. Мценск, был тяжело ранен в правую руку, находился на излечении с 31.04.1942 по 25.09.1942 в 315 Отдельном медико-санитарном батальоне 287 стрелковой дивизии и одновременно был назначен политруком медико-санитарной роты. С 25.09.1942 по 03.1943 был агитатором 866 стрелкового полка, до 05.1943 агитатором политотдела 287 стрелковой дивизии (Брянский фронт). 30.04.1943 приказом 0338 ВС Брянского Фронта ему было присвоено звание майора. Дальше был 2-й Прибалтийский фронт. До победы ему повоевать не удалось, в боях за г. Великие Луки он был тяжело ранен и признан ограниченно годным к военной службе. Его направили в Калинин в политотдел Военной Академии тыла и снабжения.
22.02.1948 Козлову Андрею Степановичу присвоено звание подполковника (приказ 230/п ГлавПУ ВС СССР).