Призван по мобилизации в апреле 1942г.

Пилот 7 легкой бомбардировочной авиаэскадрильи Прибалтийской авиагруппы ГВФ (Гражданский воздушный флот).

В сентябре 1942г. особая Прибалтийская авиагруппа ГВФ была переименована в 11 отдельную авиагруппу ГВФ. 

К средине октября 1942г младший лейтенант Козлов совершил 124 боевых ночных вылетов на бомбардировку войск противника на Северо-Западном фронте.

Был представлен к ордену Красного Знамени. Приказом от 03 января 1943г. награжден орденом Красной Звезды.

В ноябре 1942г. авиагруппа переформирована в 3 отдельный авиаполк ГВФ. Командиром полка назначен подполковник Рассказов Петр Самсонович, его заместителем Боровков Николай Андрианович. На вооружении полка стояли самолеты У-2.

Александр Егорович был зачислен в состав 1 транспортно-бомбардировочной эскадрильи полка.

К средине марта 1943г. совершил еще 147 боевых вылетов.

Был представлен к ордену Красного Знамени. Приказ о награждении от 30 апреля 1943г. 

В апреле 1943г, из экипажей 1, 2, 3 и 4 отдельных авиаполков ГВФ были сформированы 15. 16 и 17 ночные бомбардировочные авиаполки. 

17 авиаполк формировался на аэродроме Едрово (Вышний Волочек). Командиром полка был назначен майор Боровков Николай Андрианович.

Личный состав полка занимался боевой подготовкой.

В ночь на 11 июля с аэродрома Акатово одиночными самолетами бомбардировал войска противника в районе Перестряж. 27 самолетов У-2 совершили 41 боевой вылет, потерь нет.

В 1943г. полк впервые массово применил ампулы АЖ-2 с жидкостью «КС», поджигая опорные пункты противника. 

Участвовал в Спас-Деменской, Орловской и Смоленской операциях.

Экипажи полка доставляли грузы в партизанские отряды Нарчук, Шкредо, Садчикова, Гришина, Кирпич и Новикова.

В ночь с 21 на 22 августа экипаж: летчик лейтенант Козлов и штурман полка капитан Иванов Александр Михайлович, в составе полковой группы, во главе группы основного удара, участвовал в бомбардировке моста на р.Десна в районе Екимовичи. Сбросил 2 фугасные авиабомбы ФАБ-100. Результатом налета стали 2 прямых попадания в мост, до 20 разрывов на шоссе по обе стороны моста, 2 крупных взрыва и 2 очага пожара в Екимовичи.

В ночь с 19 на 20 сентября экипаж: летчик лейтенант Козлов и штурман старший лейтенант Княгиничев Владимир Павлович совершил 4 боевых ночных вылета (данные из полетной книжки Княгиничева В.П.).

В ночь на 21 сентября- экипаж Козлов- Княгиничев на самолете №2242 с задания не возвратился. Из-за плохих погодных условий экипаж потерял ориентировку. Совершил вынужденную посадку. Днем 22 сентября, восстанови ориентировку, экипаж возвратился в полк.

В ночь на 06 ноября экипаж старший лейтенант Козлов и штурман Княгиничев совершил боевой вылет на разведку.

По август 1944г. Александр Егорович учился в военной академии.

Осенью 1944г. полк вел бомбардировку войск противника в Восточной Пруссии.

К концу 1944г. командир звена старший лейтенант Козлов был представлен к ордену Красного Знамени. Приказом от 20 января 1945г. награжден орденом Отечественной войны I степени.

В 1945г. полк участвовал в разгроме Восточно-Прусской группировки противника, бомбардировал гарнизон Кенигсберга.

В апреле бомбардировал военно-промышленные объекты противника в порту Пиллау.

В последние недели войны полк бомбардировал войска противника на Земландском полуострове и косе Фрише-Нерунг (Вислинская коса). 

Полк базировался на аэродроме Шромбенен. 08 мая перебазировался на аэродром Робиттен в 20км. юго-восточнее г.Эльбинг, где и встретил Победу.

Приказом от 18 мая 1945г. старший лейтенант Козлов был награжден орденом Александра Невского.

За долголетнюю и безупречную службу награжден медалью «За боевые заслуги».

Награжден медалями «За взятие Кенигсберга», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».

Уволен в запас 26 июня 1946г.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны II степени.