В сентябре 1942г.- направлен в Военное авиационное училище разведчиков ВВС Красной Армии (ВАУР), г.Давлеканово (Башкирия). Училище готовило экипажи для разведывательных частей ВВС.

Состав экипажа самолета Пе-2: летчик младший лейтенант Кожуров Алексей Федорович, летнаб (летчик-наблюдатель) младший лейтенант Щукин Николай Николаевич, воздушный стрелок-радист старший сержант Гречихин Владимир Иванович.

Весной 1943г. состоялся первый выпуск училища.

Экипаж был направлен в 48 гвардейский авиационный полк дальних разведчиков. Зачислен в состав 4 авиаэскадрильи.

Вел разведку в районах Харьков, Красноград, Полтава, Днепропетровск, Запорожье, Кривой Рог, Никополь, Сталино, Красноармейское.

К 12 ноября 1943г. гвардии младший лейтенант Кожуров совершил 30 боевых вылетов на разведку. Был представлен к ордену Красного Знамени. Приказом от 19 января 1944г. награжден орденом Красной Звезды.

В первой половине 1944г. экипаж вел разведку в районах Херсон, Мелитополь, Симферополь, Никопольского и Перекопского плацдармов, вдоль рек Днепр, Ингул, Ингулец, Днестр, Прут.

К концу июня 1944г. гвардии лейтенант Кожуров совершил 56 успешных боевых вылетов. Приказом от 18 августа 1944г. был награжден орденом Красного Знамени.

Вел разведку в районах Кишинев, Фоушаны, Аджуд-Ноу, Комрад, Текучи, Измаил, Галан, Вылков.

К началу сентября Алексей Федорович совершил 70 боевых вылетов.

Приказом от 03 декабря 1944г. был награжден вторым орденом Красного Знамени.

Участвовал в разведке опорных пунктов и укрепленных районов противника в районах Будапешт, Секешфехервар, Естергом, Братислава, Вена, Брно, Линц, Загреб, Триест.

За годы войны выполнил 95 успешных боевых вылетов на разведку.

Приказом от 09 июля 1945г. гвардии лейтенант Кожуров был награжден орденом Отечественной войны I степени.

Награжден медалями «За взятие Вены», «За взятие Будапешта», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

За долголетнюю и безупречную службу в 1950г. был награжден медалью «За боевые заслуги».

Гвардии капитан Кожуров был уволен в запас 08 мая 1958г.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны II степени.