В начале боевых действий 1941 года его самолет был сбит. К концу года ему удалось выйти из окружения. Он был определен рядовым десантником для заброски в Крым. При погрузке в транспортный самолет его опознали однополчане, оказавшиеся на этом же аэродроме. Личное дело нашлось и его, как опытного летчика, включили в состав первой группы для перегона американских самолетов из Ирана в СССР.
По ленд-лизу через Иран поставлялась различная авиационная техника. Это истребители: «Аэрокобра» и «Кингкобра», бомбардировщики: «Митчел» и «Дуглас», больше известный у нас, как «Бостон». На первом этапе организация процесса передачи самолетов не была налажена. Получи самолет у американца, распишись и лети, как хочешь. Техника сложная, на борту полный набор передового навигационного оборудования, о котором наши летчики тогда и не слышали. Приборы в иной системе измерений - футы, мили, галлоны. Американцы готовы что-либо пояснить только за деньги, а денег просто нет. Самолеты укомплектованы богатыми бортовыми аптечками, где был даже пенициллин, калорийными пайками на весь экипаж, а у «Митчела» он до десяти человек. Этим добром и приходилось расплачиваться за знания. Вскоре, однако, выяснилось, что заработок американцев зависит от количества переданных самолетов, и здесь нет для них ничего ценнее подписи нашего летчика. А раз так… не понятно устройство или предназначение какого-либо прибора или узла, брали молоток, отвертку и выводили этот узел из строя. Самолет неисправен - подпись не ставилась. Американцы взмолились! Ремонтировали и объясняли, что и зачем. Вернули все: и пайки, и аптечки.
Многие самолеты поступали без вооружения, на них позже устанавливалось отечественное. То, что при этом нарушалась центровка машины, было не самое страшное. При подлете к Кавказу их часто ожидали вражеские стервятники. Случилось так, что наши истребители сопровождения не появились. Противник приближался, а впереди, закрытые облаками горы… . Ковалеву С.Е. повезло: прошел «вслепую» между горных вершин. Фашисты не сунулись.
Был у перегонщиков случай не меньшего везения. Группа наших самолетов шла над Кавказом. Полет проходил в штатном режиме. Штурмана одного из «Бостонов» заинтересовала неизвестная кнопка. Надо отметить, что самолет был хорош: отапливаемые кабины, отдельные у летчика и штурмана, комфорт - предусмотрено, чтобы штурман мог снять парашют и повесить его рядом. Кнопка настолько заинтересовала штурмана, что он ее нажал. Под ним открылся аварийный люк и он покинул самолет без парашюта. На аэродроме никто не мог ответить представителям военной контрразведки, куда делся штурман. А он упал на снежный склон, скатился вниз, получил несколько переломов, но был обнаружен местными жителями. Позже он вернулся в часть, но из числа летного состава был исключен по здоровью.