Служил в составе 40 авиационного полка дальних разведчиков.

Награжден медалями «За оборону Москвы», «За оборону Сталинграда».

08 февраля 1943г. полк был преобразован в 48 гвардейский авиационный полк дальних разведчиков.

К 1945г. Николай Сергеевич в составе 98 отдельного гвардейского разведывательного авиационного полка. Командир полка- гвардии подполковник Звонцов Федор Федорович (до октября 1944г.- однополчанин Николая Сергеевича - заместитель командира авиаполка).

За время войны старший авиационный механик гвардии техник-лейтенант Кононов подготовил самолеты к 109 боевым вылетам, участвовал в восстановлении в полевых условиях 7 самолетов и замене 21 авиамоторов.

Приказом от 09 июня 1945г. Михаил Васильевич был награжден медалью «За боевые заслуги».

Награжден медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

Гвардии техник-лейтенант Кононов был уволен в запас 23 мая 1946г.