С ноября 1939г. курсант Харьковского военного авиационного училища летнабов и штурманов.

23 января 1940г. принял военную присягу.

28 ноября 1940г., по окончанию училища, присвоено звание младший лейтенант. Назначен младшим летнабом (летчиком-наблюдателем) 130 скоростного бомбардировочного авиаполка.

Служил в составе 15 отдельного разведывательного запасного авиационного полка.

К маю 1944г. летнаб (летчик-наблюдатель) экипажа самолета Пе-2 511 отдельного разведывательного авиаполка (командир полка подполковник Берман Семен Давидович). Летчик Цыбенко Михаил Евменович.

Летом 1944г. полк участвовал в Ясско-Кишиневской операции. 

11 июня 1944г. экипаж произвел разведку дорог Чимишоия- Резены, Комрат- Леоно, Котовское- Леушени, Кишинев- Тузора. Над Кишиневом самолет был обстрелян зенитной артиллерией противника. Осколками был пробит колпак Ф-1. Несмотря на это, экипаж выполнил фотографирование станции и аэродрома Кишинев. 

06 августа- разведку дорог Бакэу- Бырлад, Бырлад- Баслуй, фотографирование станций Бакэу, Берешти, Бырлад, Баслуй, аэродромов Яссы и Бакэу.

20 и 22 августа экипаж совершил успешные разведывательные вылеты.

К концу августа 1944г. лейтенант Кононенко совершил 13 успешных боевых вылетов, приказом от 06 ноября 1944г. был награжден орденом Красного Знамени.

В январе 1945г. полк базировался на аэродроме г.Кечкемет (Венгрия).

03 января 1945г. экипаж лейтенант Цыбенко, лейтенант Кононенко, воздушный стрелок-радист старший сержант Даньшин Иван Васильевич вылетел для проведения разведки войск противника по маршруту Естергом, Комарно, Дьер, Папа, Веспрей и фотографирования аэродромов Комарно, Дьер, Папа, Веспрей. При подходе к Естергом на высоте 6500м. экипаж был атакован парой истребителей Ме-109 (Мессершмитт). Первая атака проводилась сзади-сверху, вторая и третья сзади-снизу. Истребители атаковали парой, открывая огонь с дистанции 600-500м. Экипаж, прекратив ведение разведки, с разворотом и снижением стал уходить на свою территорию, ведя заградительный огонь. После третьей атаки истребители прекратили преследование экипажа, который благополучно возвратился на свой аэродром.

18 февраля 1945г. экипаж произвел разведку дорог Нитра- Глаговец, Нитра- Пештяны, Нитра- Топольчаны, Фаркасд- Комарно, обнаружил действующие переправы на реках Дунай и Нитра.

19 февраля- дорог Комарно- Естергом, Дьер- Комарно, Нитра- Новы Замки, станций Веч, Шалья.

20 февраля- дорог Дьер- Братислава, Дьер- Тет, станций Дьер, Мадьяровар, Хедешхалом, Братислава, аэродромов Баболва Пуста и Дьер.

К 23 апреля 1945г. лейтенант Кононенко произвел 35 успешных боевых вылетов на дальнюю и ближнюю разведку. Был представлен к ордену Отечественной войны I степени, приказом от 16 июня 1945г. награжден орденом Отечественной войны II степени.

10 мая 1945г. экипаж самолета Пе-2: командир эскадрильи старший лейтенант Панченко Евгений Леонтьевич, штурман лейтенант Кононенко Иван Федорович, стрелок-радист ст.сержант Протащук Николай Михайлович выполнил разведку с фотографированием с высоты 1500м районов Метовице, Цвиттау, Одирец, Место Ждяр.

Награжден медалями «За взятие Будапешта», «За взятие Вены», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

За долголетнюю и безупречную службу в 1950г. был награжден медалью «За боевые заслуги».

Майор Кононенко был уволен в запас 07 ноября 1951г.