Родился 24 сентября 1915 года в деревне Конкинцы ныне Кумёнского района Кировской области в семье крестьянина. Русский.

В 1930 году семья переехала и вступила в колхоз «Красный Октябрь» Вожгальского района. 15-летний Михаил Колупаев трудился в полеводческой бригаде: пахал на лошади, работал на жнейке-самоброске и других участках до призыва по мобилизации в октябре 1942 года Вожгальским райвоенкоматом.

После демобилизации в августе 1946 году лейтенант М.П.Колупаев вернулся в родной колхоз и продолжил работать в полеводческой бригаде, вскоре возглавил звено.

 Со дня образования колхоз «Красный Октябрь» под председательством П.А.Прозорова, был в числе передовых хозяйств Кировской области по сбору урожая ржи, картофеля и продуктов животноводства. В 1947 году колхоз получил особенно высокий урожай зерновых, а звеном М.П.Колупаева получен урожай ржи 31,29 центнера с гектара на площади 10 гектаров.

 Указом Президиума Верховного Совета СССР от 17 марта 1948 года за получение высоких урожаев пшеницы и ржи в 1947 году звеньевому Колупаеву Михаилу Петровичу, в числе 11 передовиков колхоза «Красный Октябрь», присвоено звание Героя Социалистического Труда с вручением ордена Ленина и золотой медали «Серп и Молот».

В последующие годы его звено продолжало получать высокие урожаи ржи «Вятка-2» и овса «Золотой дождь», выведенные вятскими селекционерами.

В 1955 году М.П.Колупаев возглавил центральную бригаду в деревне Новосёлы (ныне не существует) Лущиковского района. В хозяйстве насчитывалось стадо в 280 коров, сотни свиней, тысячи кур, более сотни гектаров полей и подсобный промысел. Бригада под его руководством увеличила производство всех видов сельскохозяйственной продукции и была неоднократным участником Выставки достижений народного хозяйства (ВДНХ) СССР.

С 1968 года он работал заведующим колхозным складом до выхода на пенсию.

Проживал в селе Вожгалы, скончался 13 мая 1994 года.

Награждён 2 орденами Ленина (17.03.1948, 24.04.1958), орденами Отечественной войны 2-й степени (11.03.1985) и Трудового Красного Знамени, медалями, в том числе «За отвагу» (19.09.1944), «За трудовую доблесть» (23.06.1949), а также медалями ВДНХ СССР