Служил в составе 57 бомбардировочного авиаполка, базировавшегося на аэродроме Чернышовка в Приморье. Полк имел на вооружении самолеты СБ.

С 06 июля 1941г. полк начал перелет на аэродром Сасово (Рязанская обл.). В конце июля в Сасово полк был переформирован в два полка. 1-я и 2-я авиаэскадрильи составили 57 «А» скоростной бомбардировочный авиаполк (командир полка майор Суржин Иван Семенович, помощник командира полка- старший лейтенант Кожевников Василий Дмитриевич).

С 08 августа 1941г. полк приступил к боевой работе.

22 августа полк вошел в составе 10 смешанной авиадивизии. На вооружении имел 15 самолетов СБ.

Старшина Кокшаров- авиационный моторист в составе 1-й авиаэскадрильи полка. Старший техник эскадрильи- воентехник 1 ранга Ходосевич Василий Иванович.

Вместе со старшим авиамехаником младшим воентехником Гильмановым Султаном Давлетовичем подготавливал к вылетам самолет экипажа: лейтенант Исаев Михаил Андреевич, старший лейтенант Сильченко Александр Филиппович, старший сержант Горкин Леонид Константинович.

К 11 сентября 1941г. Семен Филиппович подготовил самолет к 17 боевым вылетам. В ночь с 06 на 07 сентября участвовал в замене двигателя.

Приказом от 23 ноября 1941г. был награжден медалью «За боевые заслуги».

29 сентября 1941г. полк был переименован в 450 скоростной бомбардировочный авиаполк. В составе полка осталось 5 исправных самолета и 4- требующих ремонта.

15 октября 1941г. личный состав полка направлен в г.Чкалов на доукомплектование и переучивание на самолет Пе-2. 

В мае 1942г. полк расформирован, командование и летный состав были переданы в состав формировавшегося 4 дальнего разведывательного авиационного полка (командир полка майор Берман Семен Давидович, военком- батальонный комиссар Артемьев Борис Павлович).

На вооружении полк имел самолеты Пе-2, Пе-3, с лета 1942г.-  американские самолеты «Аэрокобра».

Семен Филиппович зачислен в состав 2-ой авиаэскадрилья полка (командир эскадрильи старший лейтенант Колодяжный Сергей Амвросиевич). 

На базе эскадрильи была сформирована оперативная группа полка, которая действовала с оперативного аэродрома Добринка (Тамбовская обл.) в интересах Юго-Западного и Степного фронтов. В 1942г. группой руководил старший лейтенант Гаврилов Дмитрий Дмитриевич.

Самолет Пе-2 экипаж: командир Колодяжный Сергей Амвросиевич, штурман авиаэскадрильи Сафронов Алексей Иванович, воздушный стрелок-радист Горкин Леонид Константинович. Технический персонал: старший техник Ходосевич Василий Иванович. техник Амелин Семен Федорович, моторист авиационный Кокшаров Семен Филиппович.

Семен Филиппович был награжден медалью «За оборону Сталинграда».

В январе 1943г. командование полком принял подполковник Артемьев.

17 июня 1943г. полк был преобразован в 98 отдельный гвардейский разведывательный авиаполк. 

05 октября 1944г. командиром полка был назначен гвардии подполковник Звонцов Федор Федорович.

За время войны гвардии старшина Кокшаров подготовил самолеты эскадрильи к 110 боевым вылетам на дальнюю разведку.

Приказом от 01 мая 1945г. был награжден второй медалью «За боевые заслуги». 

Награжден медалями «За взятие Берлина», «За освобождение Праги», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны II степени.