Призван по мобилизации из системы ГВФ (Гражданского воздушного флота).

В сентябре 1942г. особая Прибалтийская авиагруппа ГВФ была переименована в 11 отдельную авиагруппу ГВФ. В ноябре 1942г.- переформирована в 3 отдельный авиаполк ГВФ. Командиром полка назначен подполковник Рассказов Петр Самсонович, его заместителем Боровков Николай Андрианович. На вооружении полка стояли самолеты У-2.

Юрий Федорович был зачислен в состав полка. 

Совершил 65 боевых ночных вылетов на бомбардировку войск противника. 

В апреле 1943г, из экипажей 1, 2, 3 и 4 отдельных авиаполков ГВФ были сформированы 15. 16 и 17 ночные бомбардировочные авиаполки. 

17 авиаполк формировался на аэродроме Едрово (Вышний Волочек). Командиром полка был назначен майор Боровков Николай Андрианович.

Личный состав полка занимался боевой подготовкой.

В ночь на 11 июля с аэродрома Акатово одиночными самолетами бомбардировал войска противника в районе Перестряж. 27 самолетов У-2 совершили 41 боевой вылет, потерь нет.

В 1943г. полк впервые массово применил ампулы АЖ-2 с жидкостью «КС», поджигая опорные пункты противника. 

Участвовал в Спас-Деменской, Орловской и Смоленской операциях.

Экипажи полка доставляли грузы в партизанские отряды Нарчук, Шкредо, Садчикова, Гришина, Кирпич и Новикова.

К средине августа 1943г. младший лейтенант Кочергин совершил 33 ночных боевых вылетов.

Приказом от 27 августа 1943г. был награжден орденом Красной Звезды.

В ночь с 21 на 22 августа экипаж: летчик младший лейтенант Кочергин и штурман младший лейтенант Скрыпник Петр Иванович, в составе полковой группы участвовал в бомбардировке моста на р.Десна в районе Екимовичи. Сбросил 2 фугасные авиабомбы ФАБ-100. Результатом налета стали 2 прямых попадания в мост, до 20 разрывов на шоссе по обе стороны моста, 2 крупных взрыва и 2 очага пожара в Екимовичи.

В ночь с 31 августа на 01 сентября экипаж: летчик младший лейтенант Кочергин и штурман старший лейтенант Княгиничев Владимир Павлович совершил 2 боевых ночных вылета (данные из полетной книжки Княгиничева В.П.).

В ночь с 16 на 17 сентября экипаж Кочергин- Княгиничев совершил 2 боевых ночных вылета.

17 сентября в составе полка перебазировались с аэродрома Рогайлово на аэродром Шубки (район г.Рудня).

В ночь на 06 февраля 1944г. экипаж: летчик лейтенант Кочергин и штурман младший лейтенант Волков Алексей Иосифович, при выполнении боевого задания, в районе Васюты был обстрелян малокалиберной зенитной артиллерией. У самолета пробиты: лонжерон левой нижней плоскости, 3 нервюры, поврежден трос управления элеронами. Экипаж невредим, благополучно возвратился на свой аэродром.

В 1944г. полк участвовал в Оршанско-Витебской, Вильнюсской и Каунасской операциях, бомбардировал позиции противника в Восточной Пруссии.

В ночь с 22 на 23 июля 1944г. экипаж Кочергин- Скрыпник выполнял разведку аэродрома Сувалки. В результате обстрела самолета зенитным огнем, летчик и штурман получили тяжелые ранения. Самолет был поврежден- осколки снарядов пробили его более 100 раз. Был пробит бензобак. Несмотря на тяжелые ранения, летчик одной рукой прикрыл пробоину в бензобаке, а второй управлял самолетом. Истекая кровью, он привел самолет на свой аэродром, пролетев более 170км., и доставил ценные сведения. 24 июля скончался от ран штурман Скрыпник.

Заместитель командира эскадрильи старший лейтенант Кочергин, совершивший 197 боевых вылетов был представлен к ордену Красного Знамени. Приказ о награждении от 08 августа 1944г.

29 июля из госпиталя легкораненых ГЛР 34 эвакуирован в тыл.

20 декабря 1944г. был выписан из эвакогоспиталя ЭГ 3995 и направлен в Управление ВВС Приволжского военного округа.

Юрий Федорович вернулся в свой полк. 27 января 1945г. ему был вручен орден Красного Знамени.

В 1945г. полк участвовал в разгроме Восточно-Прусской группировки противника, бомбардировал гарнизон Кенигсберга.

26 января полк перебазировался с аэродрома  Наудишки на аэродром Замолен, в 10км. северо-западнее Гумбинен.

Указом Президиума ВС СССР от 19 февраля 1945г. полк был награжден орденом Суворова III степени.

В апреле бомбардировал военно-промышленные объекты противника в порту Пиллау.

В последние недели войны полк бомбардировал войска противника на Земландском полуострове и косе Фрише-Нерунг (Вислинская коса). 

Полк базировался на аэродроме Шромбенен. 08 мая перебазировался на аэродром Робиттен в 20км. юго-восточнее г.Эльбинг, где и встретил Победу.

Капитан Кочергин был представлен к ордену Александра Невского. Приказом от 18 мая 1945г. награжден орденом Отечественной войны II степени.

Награжден медалями «За взятие Кенигсберга», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».

Уволен в запас 10 июня 1946г.