Служил в составе 210 ближне-бомбардировочного авиаполка Одесского военного округа (командир полка Кожемякин Александр Владимирович).

30 июля 1941г. полк приступил к боевой работе на Южном фронте.

Капитан Клочко- заместитель командира авиаэскадрильи.

В период с 21 по 30 августа группа самолетов Су-2, ведомая Сергеем Елисеевичем, неоднократно уничтожала переправу противника на р.Днепр в районе Ломовки.

04 сентября при бомбометании в районе Каховка группа была атакована истребителями противника Ме-109 (Мессершмитт-109). Благодаря маневру ведущего и групповому огню летнабов, атака была отбита. Группа без потерь вернулась на свой аэродром.

05 сентября группой при атаке на противника в районе Дудчино бомбометанием уничтожено до 4-х танков, огнем пулеметов частично уничтожено и рассеяно до 2 батальонов пехоты.

07 сентября вылетев в составе группы, совершил вынужденную посадку из-за обрыва поплавка карбюратора.

К 10 сентября Сергей Елесеевич совершил 44 успешных боевых вылетов, из них 20 в качестве ведущего. Представлен к ордену Красного Знамени, награжден согласно приказа от 17 января 1942г.

11 сентября 3 самолета Су-2 2-й авиаэскадрильи вылетели на разведку переправ через р.Днепр. Не обнаружив переправ, в 16-30 отбомбили с высоты 1200м скопление войск в районе Фирсовки. В районе Антоновки были атакованы двумя истебителями Ме-109, с которыми в течение 12 минут вели воздушный бой. В бою был сбит один самолет Су-2 экипаж: летчик мл.лейтенант Аринушкин Николай Дмитриевич, летнаб Черняев Валериан Андреевич. Самолет загорелся в воздухе и врезался в землю. Экипаж погиб. Два других самолета совершили вынужденную посадку на аэродроме в Мелитополе. Экипаж первого: летчик Кравченко Александр Михайлович- ранен в правые ногу и руку, летнаб Каюнчин Иван Петрович убит. Второй самолет, экипаж: командир капитан Клочко, штурман эскадрильи лейтенант Гуржий Тихон Митрофанович после дозаправки вернулся на свой аэродром.

На самолете Су-2 Сергей Елисеевич совершил 101 боевой вылет. В апреле 1942г. полк направлен на перевооружение.

16.09.1943г. капитан, прибыл из 1 учебно-тренировочной авиационной бригады в 10 отдельный разведывательный авиаполк (командир полка Родин Александр Карпович). Назначен командиром эскадрильи. До конца года под его руководством эскадрилья произвела 268 вылетов на разведку и фотографирование оборонительных рубежей противника без потерь личного состава. Лично произвел 6 вылетов. Представлен к ордену Красного Знамени, приказом от 03 февраля 1944г. награжден орденом Отечественной войны II степени.

Летал на самолете Ил-2. Переучивал с самолета У-2 на Ил-2 5 летчиков. К сентябрю 1944г. выполнил еще 23 боевых вылета.Эскадрилья за этот период произвела 681 вылет на разведку, при этом потери составили- 1 летчик и 3 штурмана.

Приказом от 10 сентября 1944г. майор Клочко награжден орденом Александра Невского.

Указом Президиума ВС СССР от 03 ноября 1944г. за долголетнюю и безупречную службу награжден медалью «За боевые заслуги».

К марту 1945г. совершил еще 20 боевыз вылетов. Эскадрилья совершила 452 вылета, потеряв 3 летчиков и 5 штурманов. Результатами разведки было обнаружение 419 танков, 48191 автомашины, 18 железнодорожных эшелонов, 559 орудий.

Сергей Елисеевич представлен к ордену Красного Знамени, приказом от 02 апреля 1945г. награжден орденом Отечественной войны I степени.

Указом Президиума ВС СССР от 06 мая 1945г. награжден орденом Красной Звезды.

Награжден медалями «За взятие Кенигсберга», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

В ноябре 1951г. награжден орденом Красного Знамени.

Службу окончил: 20.10.1954г. подполковник.