В 1941 году закончил Севастопольское высшее военно-морское училище в  звании лейтенанта. Служил на крейсере «Коминтерн». Командир роты 4 батальона 8 бригады морской пехоты. «Коминтерн»  был заложен в 1901 г. в Николаеве, вступил в строй в 1905 г. (первоначальное название крейсера - "Кагул",с  1907г. – «Память Меркурия»). Участвовал в 1-й мировой войне, был восстановлен в 1922г.(новое название –«Коминтерн»), прошел модернизацию в 1930-м.

«Коминтерн» участвовал в войне в качестве минного заградителя. Вывозил раненых из осажденного Севастополя, охранял транспорт с солдатами и оружием, участвовал в боях в Севастополе, Одессе, Новороссийске. 11 марта 1942 г. крейсер был поврежден авиабомбой: пробита палуба юта, разрушена часть правого борта, снесена часть кормовых надстроек, при этом были сбиты 2 самолета противника. Хода не потерял и продолжал нести службу.

9 мая 1942 года Михаил Климин во время боя получил тяжелое ранение, был эвакуирован в госпиталь в Свердловск и был признан негодным к строевой службе. Награжден орденом Красной Звезды и другими наградами.