С 1940 года в рядах Красной Армии. Принимал участие в боях на полях Прибалтики, в обороне г. Москвы, в изгнании фашистких оккупантов с территории России, Белоруссии, Украины, Польши и Германии в должностях командира отделения, помощника командира взвода, командира взвода, роты учебного батальона 44 Гвардейской  дивизии, заместителем, затем командиром отдельной 338 роты 1-й Гвардейской Армии, на завершающем этапе войны заместителем, командиром 1 батальона 128 гвардейского стрелкового полка, 44 гвардейской стрелковой дивизии. 65-ой Армии. Был запечатлен военным киножурналистом в 10 серии киноэпопеи «Великая Отечественная» в ходе освобождения г. Изюм, Харьковской области, идущим впереди своего подразделения. Отдельный сюжет был снят о Валихане Рахимовиче Кайназарове казахскими кинодокументалистами в документальном фильме «Биография поколений», вышедшем в 1979 году.

Заслуги гвардии капитана Кайназарова В.Р. на фронтах Великой Отечественной войны были отмечены орденом «Красной Звезды», орденом «Великой Отечественной войны» 1 степени, двумя орденами «Великой Отечественной войны» 2 степени, медалью «За отвагу», медалью «За оборону Москвы», медалью «За Победу над Германией», многими грамотами от имени Верховного Главнокомандующего Вооруженными Силами Советского Союза.