Родился в карачаевской семье Кеккеза Каракетова и Саният (урожд. Айбазова) третьим ребёнком (в семье было 4 сына и три дочери). Окончив школу, работал табунщиком.

Призван в РККА в 1939 году. Окончил школу командирского состава, служил командиром отделения, помощником командира стрелкового взвода, командиром снайперского взвода 2-го стрелкового полка, 50-й стрелковой дивизии 13-й Армии Белорусского Особого военного округа. В первый день войны после тяжёлых боёв возле города Молодечно воинская часть, в которой служил Юнус Каракетов, отступила с боями на восток. Взвод под командованием Юнуса Каракетова потерял почти весь личный состав. Юнус Каракетов определил последних трёх тяжелораненых бойцов в местные семьи и ушёл в леса под Минском.

Партизанил в одиночку, освобождая из плена красноармейцев и уничтожая небольшие группы немцев. В лесах под городом Борисов он встретился со своим земляком Кичи-Батыром Хаиркизовым. Вдвоём они создали небольшую партизанскую группу.

За период с июля по декабрь 1941 года по документам Государственного архива Белоруссии ими было освобождено 840  красноармейцев, убито 39 конвоиров, уничтожено 28 предателей, уничтожен 31 каратель, ранено более 40 немцев, взорваны 8 бронемашин, 7 мостов, возвращено населению более 200 голов скота.

Во время одного из боев они встретились с группой батальонного комиссара В. Ф. Леонова, который предложил им вступить в его партизанский отряд. Со временем Юнус Каракетов и Кичи-Батыр стали командирами отдельных партизанских отрядов. Отряд Юнуса выполнял задания по уничтожению железнодорожных коммуникаций противника, по ликвидации немецких комендатур на территории Чашникского и Сенненского районов Белоруссии. За особые боевые успехи его отряда и за проявленное личное мужество и организаторский талант в боях Юнус Каракетов командованием Сенненской бригады и Витебским подпольным обкомом ВКП(б) в декабре 1942 года был представлен к высокому званию Героя Советского Союза.

В марте 1943 года был награждён орденом Красного Знамени. В 1943 г. присвоено воинское звание лейтенант.

Отряд Юнуса Каракетова несколько раз участвовал в обороне партизанского аэродрома, который действовал возле села Белица Чашникского района. Этот аэродром действовал вплоть до освобождения Белоруссии в 1944 году.