Направлен в 24 саперную бригаду 8 саперной армии Закавказского фронта.

В декабре 1942г. бригада переформирована в 3 горную минно-инженерную бригаду (командир бригады- подполковник Миротворский Глеб Модестович). Бригада участвовала в обороне Северного Кавказа, действовала в районах г.Нальчик, с.Гизель, г.Орджоникидзе, с.Эльхотово, г.Моздок.

20 мая 1943г. бригада выведена из состава Северо-Кавказского фронта.

С 25 мая 1943г. на базе 69 инженерно-саперной бригады и 3 горной минно-инженерной бригады в пос.Домодедово формируется 11 штурмовая инженерно-саперная бригада. Командиром бригады назначен подполковник Миротворский Глеб Модестович.

Старший лейтенант мед.службы Карабанов назначен врачом 53 отдельного штурмового инженерно-саперного батальона бригады (командир батальона- майор Лепилов Иван Николаевич).

С 14 июля 1943г. батальон в составе бригады на Юго-Западном фронте, под Харьковым.

Евгений Михайлович организовал госпиталь для раненых. В августе был легко ранен. К октябрю 1943г. в госпитале прошли лечение 40 человек и вернулись в строй. В периоды боевых операций для оказания первой помощи раненым в передовых подразделениях организовывался батальонный пункт медицинской помощи (БПМП).

19 октября 1943г. Евгений Михайлович был представлен к ордену Красной Звезды, приказом от 11 февраля 1944г. награжден медалью «За боевые заслуги».

Награжден медалью «За оборону Кавказа».

Назначен командиром отдельного медико-санитарного взвода бригады.

В августе 1944, в период боев на р.Днест в районе сел Толмаз и Чобручи, капитан медслужбы Карабанов организовал на плацдарме передовой хирургический пункт. Днем и ночью оказывал помощь раненым бойцам и командирам. Не имея достаточного количества техники, организовал из подвод обоз для передвижения пункта вместе с передовыми частями бригады.

27 августа 1944г. начальником санитарно-медицинской службы бригады майором медслужбы Барковым Павлом Николаевичем представлен к ордену Красной Звезды (приказ о награждении от 12 сентября 1944г.)

Награжден медалями «За освобождение Белграда», «За взятие Будапешта», «За взятие Вены», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.»

После войны, как и многие ветераны бригады (например, зубной врач отдельного медсанвзвода ст.лейтенант медслужбы Страненко Мария Дмитриевна, фельдшер 30 отдельного батальона ранцевых огнеметов лейтенант медслужбы Хрестин Владимир Федотович) продолжил службы в 46 инженерно-саперной бригаде.

В 1952г. награжден медалью «За боевые заслуги».

Службу окончил: 02.03.1967г. подполковник медицинской службы.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны I степени.