Яков  Иванович Калинников родился в селе Калинино Орловской губернии. Его отец был священник. Учился в семинарии, а потом уехал в Москву и поступил на медицинский факультет в Московском университете и по окончании его работал в клинике В.Ф. Снегирева, а затем в Военно-Медицинской Академии в Петербурге. В 1914 году началась Первая мировая война, и его мобилизовали в армию. Доктор Калинников работал хирургом в полевых госпиталях, где получил огромный профессиональный опыт. Порой он оперировал в невыносимых условиях, в полевых палатках, когда не было под рукой никаких лекарств и ампутация проходила на живую - пациенту давали стакан водки и деревяшку в зубы... В 1918 году Яков демобилизовался из армии. За время работы хирургом Яков Иванович насмотрелся на страдания и смерть людей и после окончания войны решил сменить поле своей деятельности. Он не хотел больше видеть смерть, он хотел быть приобщенным к великому таинству - рождению человека. И тогда он переквалифицировался и стал акушером-гинекологом. С 1924 года его утвердили заведующим родильного отделения 1-ой клинической больницы г. Саратова. В 1939 году он стал доцентом в Саратовском медицинском институте, занимался научной и педагогической деятельностью, воспитал сотни молодых врачей.

В годы Отечественной войны Яков Иванович, которому в то время было уже за 60 лет, вновь работал хирургом и оперировал тысячи наших воинов, которых привозили в Саратовский госпиталь после Сталинградской битвы. В 1943 г. Я.И. Калиникову присвоили звание заслуженного врача РСФСР, а его заслуги отмечены самыми высокими наградами: орденом Ленина и Знаком Почета. За годы своей работы Яков Иванович спас тысячи жизней. Один из журналистов в статье о докторе Калинникове написал, что «если собрать всех спасенных им людей и поселить их в одном месте, то получился бы целый город».