С ноября 1939г. курсант Харьковского военного авиационного училища летнабов и штурманов.

23 января 1940г. принял военную присягу.

28 ноября 1940г., по окончанию училища, присвоено звание младший лейтенант. Назначен младшим летнабом (летчиком-наблюдателем) 11 легкого бомбардировочного авиаполка. 

С 30 июня 1940г. полк входил в состав 21 смешанной авиадивизии. Базировался на аэродромах в районе Одессы. Полк имел на вооружении самолеты СБ и Пе-2.

В начале 1941г. полк начал переформирование в штурмовой. Летнабы из состава полка были переведены в другие части или направлены на курсы штурманов.

К 20 октября 1943г. лейтенант Калиниченко прибыл в составе 5 экипажей на самолетах Пе-2 из 15 отдельного разведывательного запасного авиаполка (г.Петровск) в 511 отдельный разведывательный авиаполк (командир полка- майор Бабанов Анатолий Александрович).

05 декабря 1943г. взлетев с аэродрома Полтава, экипаж самолета Пе-2: летчик лейтенант Столяров Григорий Михайлович, летчик наблюдатель лейтенант Калиниченко Василий Яковлевич, стрелок-радист сержант  Климов Иван Андреевич не вернулся с боевого задания.

В конце марта 1944г. командиром полка назначен подполковник Берман Семен Давидович.

К ноябрю 1944г. Василий Яковлевич вновь в составе полка. К 20 января совершил 12 успешных боевых вылетов. Приказом от 25 апреля 1945г. награжден орденом Красного Знамени.

17 марта 1945г. сдавал зачеты по темам: «Матчасть самолета» оценка-4, «Вооружение»- 4, «Спецоборудование»- 5  «Метеоусловия»- 5 «Матчасть фотоаппаратуры»-4.

08 апреля 1945г. экипаж 2 авиаэскадрильи в составе: летчик лейтенант Бутаков Федор Иванович, штурман лейтенант Калиниченко Василий Яковлевич, стрелок-радист старшина Соляник Дмитрий Яковлевич выполняли задание по разведке визуальным наблюдением. Установлено: на железнодорожных станциях Гадорин- 3 состава и до 120 вагонов, Костин 3 состава и до 140 вагонов, Оломоуц 3 состава и до 300 вагонов. На аэродроме Простеев- до 20 самолетов.

За последующие 34 успешных боевых вылета представлен к ордену Красного Знамени, приказом от 16 июня 1945г. награжден орденом Отечественной войны I степени.

Награжден медалями «За взятие Вены», «За взятие Будапешта», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

В 1951г. награжден медалью «За боевые заслуги», в октябре 1955г. и марте 1956г.- орденами Красной Звезды, в сентябре 1956г.- орденом Красного Знамени.

Службу окончил: 11.08.1960г. майор.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны II степени.