В январе 1940 года призван в ряды Советской армии. С марта 1940 по июнь 1941 года учится в ярославскому военном пехотном училище, которое заканчивает с отличием. Как один из лучших выпускников был направлен на обучение в школу контрразведчиков "Смерш" в Москве. Во время Великой Отечественной войны занимает должность старшего оперуполномоченного фронтовой контрразведки дивизии противовоздушной обороны Московского военного округа. Некоторое время, когда существовала угроза захвата столицы немцами, Александр Иванишин находился в личной охране председателя Верховного совета СССР Михаила Ивановича Калинина. В период обороны Москвы получил ранение в ногу. За военные заслуги капитан О.Іванишин был награжден орденом Красной Звезды, орденом Великой Отечественной войны II степени, медалями "За боевые заслуги" и "За оборону Москвы".