Участник боевых действий у оз.Хасан.

Служил летчиком в составе 57 бомбардировочного авиаполка, базировавшегося на аэродроме Чернышовка в Приморье. Полк имел на вооружении самолеты СБ.

С 06 июля 1941г. полк начал перелет на аэродром Сасово (Рязанская обл.). В конце июля в Сасово полк был переформирован в два полка. 1-я и 2-я авиаэскадрильи составили 57 «А» скоростной бомбардировочный авиаполк (командир полка майор Суржин Иван Семенович, помощник командира полка- старший лейтенант Кожевников Василий Дмитриевич).

22 августа полк вошел в составе 10 смешанной авиадивизии. На вооружении имел 15 самолетов СБ.

29 сентября 1941г. полк был переименован в 450 скоростной бомбардировочный авиаполк. В составе полка осталось 5 исправных самолета и 4- требующих ремонта.

29 сентября 1941г.  экипаж старшего лейтенанта Исаева нв самолете СБ вылетел с аэродрома Шайково для доставки продуктов партизанскому отряду. По метеоусловиям совершил вынужденную посадку. 

30 сентября самолет СБ был обнаружен другим экипажем у станции Баррикадная, к месту вынужденной посадки была выслана техкоманда.

Ночью 03 октября 1941г. в 04-00 три самолета полка вылетели для атаки мотомехколонны противника на шоссе Рославль- Екимовичи. В 04-39 экипажи атаковали цель. Из-за плохих метеоусловий все три экипажа при возвращении с боевого задания потеряли ориентировку. Экипаж: комиссар полка старший политрук Бритов Петр Кононович, штурман полка лейтенант Степин Кузьма Иванович и стрелок-радист старший сержант Петров Александр Васильевич, пройдя по расчету пути и времени аэродром не обнаружил. Дождавшись рассвета, восстановил ориентировку и сел на свой аэродром. Остальные два экипажа: командир звена старший лейтенант Кричевский Лев Саулович, лейтенант Павлов Александр Александрович, сержант Виноградов и командир эскадрильи старший лейтенант Исаев Михаил Андреевич, старший лейтенант Сильченко Александр Филиппович, старший сержант Горкин Леонид Константинович так же возвратились на свой аэродром (Козельск).

07 октября 1941г. с 10-00 до 14-00 одиночными самолетами полк вылетал на разведку и бомбардировку войск противника в район Юхнов- Спас-Деменск. Экипажи в заданных районах противника не обнаружили. Совершено 8 вылетов. 4 экипажа не возвратились с задания. В полку осталось 2 исправных и 2 неисправных самолета СБ. К исходу дня противник занял Сухиничи и передовыми частями вышел к Козельску. Исправные самолеты были перегнаны на аэродром Серпухов. Два неисправных самолета по приказу капитана Дубового были уничтожены. По этому факту командиром дивизии подано ходатайство в военный трибунал о придании виновных суду.

12 октября 1941г. полк совершил 3 самолетовылета. Вел разведку железных дорог, бомбардировал станцию Козельск и колонну автомашин в районе Медынь. К концу дня в полку остался 1 исправный самолет. 

В ночь с 13 на 14 октября полк вел разведку и бомбардировал войска противника в районе Юхнов, Мосальск, Спас-Деменск, совершив 2 вылета.

15 октября 1941г. личный состав полка направлен в г.Чкалов на доукомплектование и переучивание на самолет Пе-2. 

В составе полка старший лейтенант Исаев совершил 14 боевых вылетов, из них 3 ночных. Был представлен к награде, но представление не было утверждено.

В мае 1942г. полк расформирован, командование и летный состав были переданы в состав формировавшегося 4 дальнего разведывательного авиационного полка (командир полка майор Берман Семен Давидович, с февраля 1943г. подполковник Артемьев Борис Павлович). На вооружении полк имел самолеты Пе-2, Пе-3, впоследствии,  американские самолеты «Аэрокобра».

Михаил Андреевич был назначен заместителем командира 3 авиаэскадрильи. Изучил и освоил самолет «Аэрокобра». Командир 3-й авиаэскадрильи- Герой Советского Союза Конкин Михаил Парфентьевич.

15 сентября обнаружил автоколонну на дороге Гжатск- Вязьма.

19 сентября провел разведку железнодорожных узлов Вязьма, Гжатск, Сычевка.

20 сентября разведал и сфотографировал аэродромы Двоевка, Новое Село, совхоз Дугино, обнаружил новый аэродром в районе Тесово.

К средине ноября 1942г. капитан Исаев совершил 19 вылетов на разведку глубокого тыла противника. Был представлен к ордену Красного Знамени, приказ о награждении от 21 февраля 1943г.

К маю 1943г. совершил еще 17 боевых вылетов. Сфотографировал аэродромы Локоть, Эсмань. Выполнял фотоконтроль бомбардировок аэродромов Новое Дугино, Сычевка, новое Село, Двоевка, Тосов и др.

07 января 1943г. был атакован 9 истребителями Мессершмитт-109 и 2 Фоке Вульф-190. В воздушном бою самолет был подожжен, Михаил Андреевич сумел перетянуть через линию фронта и совершить вынужденную посадку.

Приказом от 26 мая 1943г. капитан Исаев был награжден вторым орденом Красного Знамени.

16 июня 1943г. полк был преобразован в 98 отдельный гвардейский разведывательный авиаполк.

В 1943г. гвардии майор Исаев с аэродрома Клин совершил 3 успешных боевых вылета, с аэродрома Курск- 6 успешных, в одном задание выполнить не удалось.

С января 1944г. Михаил Андреевич руководил оперативной группой полка, действовавшей в интересах 1 Украинского фронта.

03 июня 1944г. заместитель командира полка гвардии майор Исаев был представлен к ордену Отечественной войны I степени, приказ о награждении от 15 августа 1944г.

05 июля 1944г. гвардии майор Исаев ведущим в паре с гвардии капитаном Сачковым Виктором Петровичем, вылетев с аэродрома Соловье, совершил разведку в районе Владимир Волынский.

07 июля ведущим в паре с младшим лейтенантом Середа Николаем Николаевичем выполнил разведку станций на западе Волынской обл.

За долголетнюю и безупречную службу в ноябре 1944г. был награжден медалью «За боевые заслуги».

К февралю 1945г. произвел 62 успешных боевых вылета на самолетах СБ, Пе-2, «Аэрокобра», А20-В (Дуглас).

Был представлен к ордену Александра Невского, приказом от 08 марта 1945г. был награжден орденом Отечественной войны II степени.

Награжден медалями «За взятие Берлина», «За освобождение Праги», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

За долголетнюю и безупречную службу в 1947г. был награжден орденом Красной Звезды.

Гвардии подполковник Исаев был уволен в запас 16 августа 1947г.

В честь 40-летия Победы награжден орденом Отечественной войны I степени.