С 24 июля по 20 сентября 1941г., воюя на Северо-Западном фронте, совершил 10 боевых вылетов на бомбардировку войск противника.

К маю 1942г. в составе 4 дальнего разведывательного авиационного полка (командир полка майор Берман Семен Давидович, военком- батальонный комиссар Артемьев Борис Павлович).

На вооружении полк имел самолеты Пе-2, Пе-3, с лета 1942г.-  американские самолеты «Аэрокобра».

Степан Емельянович назначен командиром звена 2-й авиаэскадрилья полка (командир старший лейтенант Колодяжный Сергей Амвросиевич). 

На базе эскадрильи была сформирована оперативная группа полка, которая действовала с оперативного аэродрома Добринка (Тамбовская обл.) в интересах Юго-Западного и Степного фронтов. В 1942г. группой руководил старший лейтенант Гаврилов Дмитрий Дмитриевич.

Экипаж самолета Пе-2: командир- Исаченков Степан Емельянович, летнаб (летчик-наблюдатель) старший Степин Кузьма Иванович, воздушный стрелок-радист Коваль Иван Романович. Самолет обслуживали: техник авиационный звена Телешев Трофим Семенович, механик авиационный Ишуков Андрей Макарович, моторист авиационный Кулагин Борис Порфирьевич.

13 сентября, выполняя вылет на самолете Пе-3, ведя разведку аэродромов и железнодорожных станций по маршруту Харьков- Купянск- Валуйки, был атакована четверкой истребителей противника. Несмотря на это, продолжил выполнять задание. В воздушном бою у самолета был подбит один мотор и пробито шасси. Выполнив задание, Степан Емельянович ушел на свою территорию и совершил вынужденную посадку на одно колесо. 

Старший лейтенант Исаченков совершил 20 боевых вылетов на разведку.

Указом Президиума ВС СССР от 23 ноября 1942г. был награжден орденом Красной Звезды.

Награжден медалью «За оборону Сталинграда».

К началу января 1943г. совершил еще 14 боевых вылетов.

Известные даты вылетов: 25 и 26 октября, 05, 09, 13, 14, 29 ноября.

12 января 1943г.  старший лейтенант Исаченков был представлен к ордену Красного Знамени, приказ о награждении от 418 февраля 1943г.

28 января 1943г. экипаж самолета Пе-3: старший лейтенант Исаченков Степан Емельянович и старший лейтенант Сердюк Константин Иванович- не вернулся с боевого задания из района Ростов-на-Дону..

Степан Емельянович был взят в плен.

Был освобожден, прошел спецпроверку.

Гвардии старший лейтенант Исаченков был уволен в запас 03 декабря 1945г. из Южно-Уральского военного округа. Встал на воинский учет в Кировском райвоенкомате Хабаровска.

Награжден медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».