Призван Ключевским райвоенкоматом 22 июня 1941 года. Воевал в 380-й стрелковой дивизии,  444-я отдельная мотострелковая рота. По документам безвозвратных потерь значится как без вести пропавший, и в утерянном извещении тоже значился как без вести прпопавший. Воевал в Калининской (ныне Тверской) области, на Калининском фронте.

До войны работал завхозом в детском доме села Ключи.

По рассказам сына, Николая Яковлевича Гужвенко, 22.06.1941 г. дети с улицы Советской пошли в лес за лесным чесноком, а когда вернулись, село оказалось пустое, так как уже все знали о войне и проходила мобилизация. В первый же день Якова Трофимовича и многих земляков ключевцев призвали и увезли на Яровое, где формировалась Алтайская дивизия. Там призванные проходили военную подготовку. Жена Якова Трофимовича ездила к мужу на Яровое, проведать. Пробыл он на подготовке три месяца.

Земляк, Хахалин Александр Исакович, вернувшийся с войны, рассказал в 1945 г. жене Якова: служил в одной дивизии с Яковом Трофимовичем, встречался на фронте с ним: зайдя в  в блиндаж увиделся с земляком. Когда ночью бойцы спали, вместе топили печь, разговаривали о родных местах. К утру разведчики, в их числе и Яков Трофимович, ушли в разведку через линию фронта. 

История записана со слов внука, Гужвенко Николая Николаевича, проживающего в селе Ключи. Его мама, Гужвенко Мария Арсеньевна, Якову Трофимомовичу доводится снохой.