В 1939г. окончил педагогическое училище г.Задонск.

С 03 декабря 1939г. курсант Харьковского военного авиационного училища летнабов и штурманов.

23 января 1940г. принял военную присягу.

28 ноября 1940г., по окончанию училища, присвоено звание младший лейтенант. Назначен младшим летнабом (летчиком-наблюдателем) в 24 скоростной бомбардировочный авиаполк.

14 сентября 1942г. присвоено звание лейтенант. Назначен стрелком-бомбардиром в 746 авиаполк дальнего действия. На вооружении полка стояли самолеты ТБ-7 (Пе-8).

19 и 23 июля 1942г. участвовал в бомбардировке военно-промышленных объектов Кенигсберга.

29 августа- Берлина, 13 сентября- Бухареста.

К началу октября 1942г. лейтенант Гончаров совершил 34 боевых вылета ночью. 

Приказом от 31 декабря 1942г. был награжден орденом Красной Звезды.

17 мая 1943г. назначен штурманом корабля.

Летал в составе экипажа: командир корабля капитан Угрюмов Алексей Семенович, летчик старший лейтенант Булатников Вениамин Васильевич, борттехник старший техник-лейтенант Зубарев Петр Кузьмич, помощник борттехника техник-лейтенант Солдатов Яков Яковлевич, стрелок-бомбардир старшина Петров Михаил Гаврилович, радист младший лейтенант Бородай Сергей Федорович, воздушные стрелки: старший сержант Кожин Дмитрий Викторович, старший сержант Белоусов Георгий Федорович, старший сержант Сальников Павел Викторович, старший сержант Прокопенко Иван Григорьевич.

К августу 1943г. совершил еще 57 боевых вылетов. Участвовал в Курской битве.

Приказом от 10 августа 1943г. был награжден орденом Отечественной войны I степени.

С августа полк вел боевую работу на Ленинградском фронте.

18 сентября 1943г. преобразован в 25 гвардейский авиаполк дальнего действия.

28 октября 1943г. Семену Ивановичу присвоено звание старший лейтенант.

К 26 января 1944г. в полку имелись 9 боеготовых самолетов- 5 в 1-й авиаэскадрилье, по 2- во 2-й и 3-й. В 16-15 из штаба авиадивизии было получено распоряжение- действовать по целям в г.Хельсинки.

Полет проходил в условиях без облачности, от Клина до цели- слабая дымка. В период с 21-22 до 22-01 с высот от 5300м. до 7000м. 9 кораблей полка успешно бомбардировали цель, сбросив 29280кг. бомб в юго-восточной части города.

В период с 22-02 по 22-08 экипажи наблюдали над целью в лучах прожекторов корабль, по которому вела огонь зенитная артиллерия. Сбросив бомбы точно на цель, корабль загорелся и горящим упал в 8-10км. северо-западнее Хельсинки.

С боевого задания не возвратился экипаж корабля 421010: командир корабля гвардии капитан Угрюмов Алексей Семенович, 2-й летчик гвардии старший лейтенант Булатников Вениамин Васильевич, штурман корабля гвардии старший лейтенант Гончаров Семен Иванович, штурман полка (проверяющий) гвардии майор Легкоступ Мирон Ефимович, стрелок-бомбардир гвардии младший лейтенант Лежнев Иван Федорович, борттехник старший гвардии старший техник-лейтенант Солдатов Яков Яковлевич,  помощник борттехника старший техник-лейтенант Прохоров Иван Сергеевич, воздушный стрелок-радист гвардии младший лейтенант Павлов Михаил Иванович, воздушные стрелки: гвардии старший сержант Спретнюк Андрей Викторович, гвардии старший сержант Смирнов Владимир Иванович, гвардии старший сержант Смирнов Афиноген Александрович, гвардии старшина Петров Михаил Гаврилович.

Судя из доклада экипажей 3 кораблей, экипаж корабля 421010, пренебрегая опасность, находясь в лучах прожекторов и под обстрелом зениток, не свернул с боевого курса и сбросил бомбы на цель.