В 1939г. окончил среднюю школу.

С 03 декабря 1939г. курсант Харьковского военного авиационного училища летнабов и штурманов.

23 января 1940г. принял военную присягу.

28 ноября 1940г., по окончанию училища, присвоено звание младший лейтенант. Назначен младшим летнабом (летчиком-наблюдателем) в 5 скоростной бомбардировочный авиаполк.

Перед началом войны полк имел на вооружении самолеты СБ и Пе-2. Входил в состав 21 смешанной авиадивизии.

К концу сентября 1941г. Михаил Прокофьевич выполнил 23 боевых вылета. Летал в экипаже командира звена старшего лейтенанта Якимовского Николая Павловича.

04 июля бомбил переправу противника через р.Прут в районе М.Шулени.

15 июля- колонну противника на дороге Пропелица- Орхей.

03 августа бомбил войска противника в районе Ново-Украина, 18 и 19 августа- в районе Никополь, с 10 по 15 сентября- Днепропетровск.

Стрелок-бомбардир звена младший лейтенант Гончаренко был представлен к ордену Красного Знамени. Приказ о награждении №18/н от 05 ноября 1942г. 

К 12 октября совершил 45 боевых вылетов. Был представлен к ордену Красного Знамени. Приказ о награждении №19/н от 05 ноября 1942г. 

17 февраля 1942г. самолет экипажа: командир звена старший лейтенант Якимовский Николай Павлович, стрелок-бомбардир лейтенант Гончаренко Михаил Прокофьевич, воздушный стрелок-радист сержант Игнатьев Ион Купреевич- в воздушном бою был подбит истребителем противника. Поврежденный самолет потерпел катастрофу. Экипаж погиб. Был похоронен в парке им.Горького в Ворошиловграде.