В июле 1941 года Голубев-Крицер был отозван из академии и назначен на должность начальника штаба 272-й стрелковой дивизии, действовавшей в составе Северного фронта на петрозаводском направлении. Принимал участие в обороне Петрозаводска. В марте 1942 года был назначен на должность начальника штаба 114-й стрелковой дивизии 7-й армии, а в сентябре 1942 года — на должность начальника штаба 4-го стрелкового корпуса, ведшего оборону на реке Свирь, а затем участвовавшего в ходе Свирско-Петрозаводской операции. С 12 ноябряпо 30 декабря 1944 года исполнял должность командира 4-го стрелкового корпуса, находившегося в резерве Ставки ВГК, а затем в составе Беломорского военного округа. В январе 1945 года был назначен на должность начальника штаба 4-го стрелкового корпуса.

С окончанием войны полковник Яков Григорьевич Голубев-Крицер находился на прежней должности. В июле 1946 года был назначен на должность начальника оперативного отделения — заместителя начальника штаба 79-го гвардейского стрелкового корпуса.

В сентябре 1946 года Голубев-Крицер был прикомандирован к Военной академии имени М. В. Фрунзе для использования на преподавательской работе: в октябре 1946 года был назначен на должность преподавателя по оперативно-тактической подготовке, а в октябре 1949 года — на должность старшего преподавателя кафедры общей тактики.

В октябре 1955 года полковник Яков Григорьевич Голубев-Крицер вышел в отставку.