20 апреля 1941 года был призван в ряды Красной Армии в 95-й танковый полк механиком водителем.
С первых дней Великой отечественной войны участвовал в боевых действиях на танке Т-34.
Горел в танке, был контужен. Прошёл боевой путь от самого начала до её окончания.
Имеет ряд наград за боевые действия: орден Отечественной войны II степени, медали «За отвагу», «За взятие Будапешта», «За взятие Вены», «За победу над Германией в Великой отечественной войне 1941-1945 г.г», «Двадцать лет победы в Великой отечественной войне 1941-1945 г.г.», «50 лет вооруженных сил СССР», «Тридцать лет победы в Великой отечественной войне 1941-1945 г.г.», «60 лет вооруженных сил СССР».

Приказом Верховного Главнокомандующего Маршала Советского Союза тов.Сталина объявлены благодарности Головкину М.В.:

За успешное форсирование осенью 1943 года р.Днепр и освобождение г.Пятихатки.

За отличные наступательные операции и освобождение г.Знаменка 10.12.1943г.

За отличные наступательные операции и освобождение г.Кировоград в январе 1944 г.

За отличные боевые действия по окружению и за ликвидацию немецкой группировки в р-не Корсунь-Шевченковский.

За отличные наступательные операции в период весенней распутицы и бездорожья, выход на Государственную границу и форсирование на р.Прут 2.04.1944г.

За отличные боевые действия по окружению и уничтожению немецкой группировки и освобождение Молдавской столицы г.Кишенев 09.1944г.

За отличные боевые действия по ликвидации немецкой группировки на подступах г.Плоешти и Бухарест и вступление в эти города (Румыния) 09.1944г.

За отличные боевые действия и прорыв сильно укрепленной обороны и овладение г.Секешфехервар и Бичкс 24.12.1944г.

За разгром немецкой группировки в трудных условиях большого города Будапешт и овладение им – столицей Венгрии 13.02.1945г.

За отличные оборонительные действия, отражение 11 танковых дивизий противника, перешедших в наступление в районе Юго-Запада г.Будапешт, за разгром этих дивизий и овладение городами Мор, Зирез, Беспрем 24.03.1945г.

За отличные наступательные операции и овладение городами Залагерсег, и Кистель 30.03.1945г.

За отличные наступательные операции южнее озера Балатон и овладение городами Вашвар, Кермент, Сентготтард 31.03.1945г.

За отличные наступательные операции и овладение столицей Австрии – город Вена 13.04.1945г.

За овладение на территории Австрии важным узлом дорог и сильным опорным пунктом обороны немцев на реке Трайзен и овладение городом Санкт-Пельтен.

Демобилизован в феврале 1947г.