В 1939г. учавствовал в Советско-Финляндской войне. Принимал участие в штурме линии Манергейма. Зва проявленную храбрость в боях был награждён медалью "За отвагу", которую лично вручал в Кремле член Политбюро Коммунистической партии Михаил Иванович Калинин. В 1940-1941 гг прошел офицерские курсы и получил звание лейтенанта.
С самого начала Великой Ответственной Войны воевал в Прибалтике. Отступал с Красной Армией до города Ленинграда. Является защитником города на Неве, за время блокад Ленинграда пережил все лишения вместе с жителями города и был ранен. Участвовал во всех боевых операциях по освобождению Ленинграда. После освобождения Ленинграда с боями дошел до г. Кенисберга (ныне Калининград). Участвовал в его штурме В операции под городом Любанью за взятие высоты был награждён ордером Александра Невского и является почётным гражданином г. Любань. В апреле 1945г. война  ДЛЯ Гамаюнова А.Е. закончилась в Прибалтике. Прадед прошел путь от командира роты до заместителя командира полка.