Уроженец деревни Заборки Осташковского района Тверской области, Степан Ильич — сын жителей деревни Ильи Филипповича и Екатерины Перфеевны Филипповых. Его старший брат Филиппов Василий Ильич (род. 1907), красноармеец, стрелок резервной роты 109-го полка 2-й дивизии войск НКВД по охране железнодорожных сооружений, 5 августа 1941 года пропал без вести после боя у станции Тамсалу на северо-востоке Эстонии.

К началу Великой Отечественной войны Степан Ильич с супругой проживал в посёлке Рыбацкое Слуцкого района Ленинградской области. На фронт Великой Отечественной войны он был призван 24 июня 1941 года Слуцким районным военным комиссариатом Ленинградской области.

26 августа (по другим данным, 27 августа) 1941 года Степан Ильич, красноармеец 41-го отдельного восстановительного железнодорожного батальона, был убит в бою у станции Эссойла в Пряжинском районе Карелии и оставлен на поле боя. Извещение о его гибели было вручено его вдове более чем четыре года спустя — 13 ноября 1945 года.

41-й отдельный восстановительный железнодорожный батальон, вошедший в состав 11-й железнодорожной бригады, начал формироваться 22 июня 1941 года на базе 1-го отдельного железнодорожного полка в городе Ораниенбаум (с 1948 года город Ломоносов) в окрестностях Ленинграда. При формировании в личном составе батальона, из которого около 35% приходилось на неслуживших в армии, было много жителей Ленинградской области. 6 июля 1941 года комплектование личным составом было закончено.

8 июля 1941 года батальон получил приказ отбыть в распоряжение отдела военных сообщений 7-й армии и 12 июля прибыл в столицу Карелии — Петрозаводск. Из Петрозаводска батальон был перенаправлен на железнодорожную станцию Суоярви (130 километров на запад от Петрозаводска), куда прибыл 13 июля.

С этого момента батальон в составе 7-й армии (с 24 июля — в составе Петрозаводской оперативной группы 7-й армии) вступил с бои с финскими войсками на территории Карелии на петрозаводском направлении.

Свои основные задачи — восстановление и в необходимых случаях разрушение железнодорожной инфраструктуры — батальон был вынужден зачастую выполнять под воздействием противника и без прикрытия своими войсками. Более того, батальону, который командование нередко использовало не по его прямому назначению, приходилось участвовать в боях в качестве стрелковой части, несмотря на то, что он не имел при этом необходимого для стрелковой части вооружения.

Так, прибыв из Петрозаводска в Суоярви, батальон получил приказ выступить на запад в направлении населённого пункта Муанто, имея боевую задачу остановить противника, прорвавшегося на этом участке накануне, и тем самым поддержать 52-й и 367-й стрелковые полки 71-й стрелковой дивизии.

Прибыв из Суоярви на ближайшую к Муанто железнодорожную станцию Лоймола в тот же день, батальон приступил к пешему маршу в направлении на Муанто. Не достигнув Муанто, находясь на марше на просёлочной дороге, батальон неожиданно нарвался на противника, что привело к замешательству, в результате которого часть подразделений батальона самовольно отступила назад к станции Лоймола. Оставшиеся бойцы батальона дали противнику бой, но под воздействием его превосходящих сил были вынуждены отойти.

Утром 14 июля на помощь батальону прибыл 131-й стрелковый полк 71-й стрелковой дивизии, и батальон перешёл в оперативное подчинение его командиру. На станции Лоймола были собраны и возвращены в состав батальона самовольно ушедшие бойцы численностью до двух рот, и под командованием командира 131-го стрелкового полка наши части вступили в бой с противником, однако в результате боя были вынуждены оставить Лоймолу. Потери батальона составили 44 человека убитыми, 126 человек ранеными и 317 человек пропавшими без вести. В этих боях противник захватил в плен командира батальона капитана А. А. Якимова.

Выйдя из боя и оперативного подчинения командира 131-го стрелкового полка, остатки батальона сосредоточились на железнодорожной станции Паперо в 20 километрах восточнее Лоймолы с задачей её обороны. На этой станции батальон занимался восстановлением железнодорожных путей, которые были частично разрушены в результате бомбардировок противника. Отметим, что работы по восстановлению разрушенной железнодорожной инфраструктуры приходилось выполнять в условиях нехватки путевого инструмента, механизмов и приборов для путевых работ.

31 июля 1941 года батальон был переброшен ещё восточнее — в район железнодорожной станции Эссойла, пройдя это расстояние пешим маршем. При этом для устройства заграждений на железной дороге в Суоярви была оставлена минно-подрывная команда батальона со специальным механизмом для разрушения железнодорожных путей — путевым разрушителем, получившим прозвище «червяк» по фамилии своего изобретателя.

Скажем несколько слов о заграждении железных дорог. В целях недопущения захвата противником железнодорожной инфраструктуры в исправном состоянии и её использования им для своих нужд на железнодорожные бригады и входившие в их состав батальоны возлагались обязанности по эвакуации в тыл технических средств (паровозов, вагонов, оборудования и т. д.), разрушению, минированию и подрыву железнодорожных путей, мостов и других сооружений. Это создавало заграждения на пути наступавшего противника — он лишался возможности использовать железные дороги на оккупированной им территории.

Выполняя эту важную работу, железнодорожные бригады были слабо обеспечены оборудованием и инструментами, а также взрывчатыми веществами и средствами взрывания. Так, обеспеченность роликовыми транспортёрами, необходимыми для эвакуации верхнего строения пути, составляла всего лишь 37% от табельной потребности, в связи с чем выполнять такие работы приходилось зачастую вручную — тяжелее и медленнее.

В связи с продвижением противника на восток 20 августа 1941 года батальон получил приказ приступить к устройству заграждений на железной дороге на участке Новые Пески — Эссойла и эвакуации имущества. 22 августа штаб, хозяйственные подразделения и 3-я рота батальона, а также имущество, погруженное в вагоны, были переброшены по железной дороге восточнее Эссойлы — на станцию Кутижма, а 28 августа — далее на восток, на станцию Падозеро, в тыл.

25 августа батальон в составе 1-й и 2-й рот занял оборону в районе железнодорожной станции Эссойла. К этому времени противник, действовавший на петрозаводском направлении, прорвал оборону на перешейке озёр Сямозеро и Шотозеро, создав угрозу захвата железнодорожной станции Эссойла и посёлка Пряжа — важного узла дорог, ведущих к Петрозаводску.

К исходу дня 25 августа противник силой до двух батальонов при поддержке артиллерии и миномётов, заняв населённые пункты Курмойла и Проккойла на перешейке озёр Сямозеро и Шотозеро, вышел к западной окраине Эссойлы.

На этот участок с задачей остановить наступавшего противника 25 августа были выброшены два стрелковых батальона 1063-го стрелкового полка 272-й стрелковой дивизии, а 27 августа в бой с противником вступили также части пограничного отряда.

В результате боёв к исходу дня 27 августа батальоны 1063-го стрелкового полка были оттеснены противником на восток — на рубеж Алёкка — Нижняя Салма, а батальон Степана Ильича, выйдя из боя, приступил к заградительным работам на участке железной дороги Эссойла — Сяньга восточнее. Потери батальона в бою за железнодорожную станцию Эссойла составили 11 человек убитыми, 41 человек ранеными и 7 человек пропавшими без вести. Этот бой стал последним для Степана Ильича.

31 августа бойцы батальона, выполнявшие заградительные работы на участке железной дороги Эссойла — Сяньга, попали в окружение противника, не имея возможности оказать ему сопротивление из-за отсутствия оружия. К 3 сентября оставшиеся в строю бойцы батальона вышли из окружения; потери батальона при этом составили 3 человека убитыми, 14 человек ранеными и 110 человек пропавшими без вести.

Петрозаводск, дальние подступы к которому защищал Степан Ильич, был занят финскими войсками 1 октября 1941 года. Город будет освобождён только спустя три страшных года войны — 28 июня 1944 года.