С апреля 1943г. начал участвовать на фронтах Великой Отечественной Войны против гитлеровской армии. Войну начал с Курско-Орловской Дуги, где принимал активное участие в разгроме немецкой армии. После перехода на контрнаступление принимал участие в освобождении территории Курской области, Украины, на должностях командира взвода и роты.  Принимал участие в освобождении городов Киева, Белой церкви, дважды в форсировании реки Днепр.

Дивизия, где служил Фаткуллин С.А., принимала активное участие в освобождении территорий Бессарабии, Румынии, Югославии, Венгрии и Австрии.

Войну окончил в Австрии на Альпийских горах на высоте 2015 метров над уровнем моря.