С ноября 1944 по 24 января 1945 гг. - отряд совместно с другими частями пограничных и внутренних войск участвовал в чекистско-войсковых операциях против бандформирований, оказавшихся в Паневежском районе Литвы. В частности, в декабре 1945г он в течение 12 суток вёл здесь боевые действия в составе сводного боевого отряда (23-й и 95-й погранотряды, 137-й и 261-й стрелковые полки внутренних войск), возглавляемого лично начальником Управления пограничных войск НКВД Литовского округа генерал-майором М.С. Бычковским. В результате разгромленными оказались 15 бандитских групп. Всего в ходе данной операции были уничтожены 284 бандита, а 800 захвачены и переданы затем в руки правосудия. Всего, по воспоминаниям ветеранов полка, в период с августа 1944 года по 20 января 1945 года воинами 95-го орденоносного в приграничье с Восточной Пруссией было выявлено, задержано и передано в руки советского правосудия 9061 человек из числа преступных элементов, в том числе 248 активных членов незаконных вооружённых формирований, 167 пытавшихся вырваться из окружения военнослужащих вермахта и, наконец, 128 засланных в наш тыл с диверсионно-террористической миссией агентов немецкой разведки.