В годы ВОВ с 15 мая 1942 по 19 августа 1944 в отряде им. С.М. Буденного, входившего в  состав партизанской бригады им. Ворошилова под командованием генерала Филиппа Филипповича Капусты, участвовал в активных боевых действиях на территории Слуцкой зоны. В бою у деревни Большая Раевка 20 июля 1942 был ранен разрывной пулей в живот, пуля прошла навылет и разорвалась на выходе, вырвав клок мышечной ткани на спине. Безобразная отметина осталась на всю жизнь. Врач в отряде сделала ему операцию, он выжил и снова стал в строй, чтобы громить врага. Основной задачей для него и его боевых товарищей была "рельсовая война" - диверсии на главных железнодорожных магистралях. За неоднократное участие в диверсионных вылазках и подрыв вражеских эшелонов в 1942 году был награжден Орденом Боевого Красного Знамени. Из воспоминаний его родного старшего брата Григория (которому в 1942 году было 19 лет), воевавшего плечом к плечу с Михаилом: "...В начале лета 1943 года Филипп Капуста был вызван в Москву. Решались вопросы организации рейда партизан Слуцкой зоны в Белостокскую область, отнесенную фашистами к Восточной Пруссии. В числе отобранных, наиболее боеспособных, оказались и мы с братом Михаилом. Тысячекилометровый рейд по западным областям Белоруссии завершился выходом отрядов к заданным районам. А по пути движения оставались разрушенные участки дорог, взорванные мосты, бежавшие в панике полицейские гарнизоны. Этому знаменитому рейду генерала Капусты посвящен раздел во II томе издания "Всенародная борьба в Белоруссии против немецко-фашистских захватчиков" (стр.317-322). Рейд закончился 17 июля 1944 г., когда наши боевые партизанские группы, действовавшие на пути отступающего противника, соединились с наступающими на Пружаны и Брест конно-механизированными частями дважды Героя Советского Союза генерала Плиева и приняли участие в этом наступлении..."

За участие в боевых действиях награжден Орденом "Боевого Красного Знамени", Орденом "Отечественной войны I степени", Медалью "Партизан Отечественной войны II степени", Медалью "За Победу над Германией в Великой отечественной Войне 1941-1945гг." и др.