После окончания военного авиационного технического училища направлен для службы в 130 скоростной бомбардировочный авиаполк.

К началу войны полк базировался на аэродроме Гноево (д.Бобровичи, Гомельская обл., Белоруссия). На вооружении имел самолеты СБ. Семен Григорьевич воентехник 2 ранга.

22 июня 1941г. самолеты полка бомбардировали склады горючего, железнодорожную станцию, авиазавод  противника в г.Бяла-Подляска (Польша, западнее г.Брест). Взлетев в 10-40 с аэродрома Гноево, в 14-10 приземлились на аэродроме Ново Гудково (восточнее г.Бобруйск) 7 из 27 взлетевших экипажей.

К сентябрю 1942г. техник-лейтенант Чубаров механик по радио обслужил 508 боевых самолетовылетов бесперебойной связью. Исполнял обязанности ответственного секретаря комсомольского бюро полка. Представлен к медали «За отвагу», приказом от 05 ноября 1942г. награжден медалью «За боевые заслуги».

03 сентября 1943г. полк преобразован в 122 гвардейский бомбардировочный авиаполк.

К октябрю 1943г. Сергей Григорьевич гвардии старший техник-лейтенант.

К сентябрю 1944г. обслужил еще 833 боевых вылета самолетов Пе-2. Представлен к ордену Красной Звезды, приказ о награждении от 08 января 1945г.

Награжден медалями «За оборону Москвы», «За взятие Кенигсберга», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.»

В 1949г. за долголетнюю и безупречную службу награжден медалью «За боевые заслуги», в 1953г.- орденом Красной Звезды.

В 1953г. гвардии майор,  с отличием окончил Военно-воздушную академию им.Ю.А.Гагарина (кафедра тыла ВВС).

Службу окончил: 12.05.1959г. гвардии подполковник.