Воевал в составе 14 гвардейского стрелкового полка, 7 гвардейской стрелковой дивизии, командиром транспортного взвода. Наиболее тяжелый период для его подразделения пришелся на весну 1943 во время Старорусской наступательной операции и начало 1944 года при освобождении города Старая Русса. В этот период для Красной Армии вопрос снабжения оставался крайне острым, станции выгрузки оставались в сотнях километрах от линии фронта. Немцы после отступлении оставили после себя выжженную землю мосты и дороги были разрушены, села сожжены, все что возможно густо заминировано. Все это не способствовало маневру и подвозу. Задачи решались подразделением в крайне тяжелых условиях- по гатям и проселкам в период оттепелей и таяния снега, по зимникам на заболоченной местности под обстрелом артиллерии противника. При выполнении боевой задачи по обеспечению боеспособности полка, в ходе операции по освобождению Старой Руссы, Афиноген Сергеевич был тяжело ранен. 3 февраля 1944 года умер в госпитале от ран, не дожив 15 дней до освобождения города, вокруг которого его полк почти 2 года вел ожесточенные бои.