Во время Великой Отечественной войны  Букштынов Яков Павлович воевал в рядах Советской армии в войсках 1-ого Украинского Фронта.

В начале войны Букштынова Я.П.  направили в Омское военно-пехотное училище. На фронт он попал в звании младшего лейтенанта  в 1944 году. Был ранен в июле 1944 года.  Награжден двумя Орденами Красной Звезды в 1945 году, Орденом Отечественной войны  I степени в 1985 году.

Во время боевых действий на правом берегу реки Висла, в частности во время тяжелых оборонительных боев с 11 по 15 сентября 1944 года он умело руководил вверенным ему подразделением. В боях за Дороткинский плацдарм Букштынов Яков Павлович лично  вел огонь с ручного пулемета по силам противника. После сильного артиллерийского огня немцы пустили вместе с танками и пехоту. Букштынов приказал подпустить врага на 50-70 метров, подготовил противотанковые гранаты и отдал приказ стрелять по врагу. Атака пехоты и танков была отбита. Букштынова наградили  Орденом Красной Звезды 5 марта 1945 года.

21 января 1945 года в боях под городом Жарнув (Польша) под командованием Букштынова Я.П. взвод уничтожил и взял в плен более 30 солдат противника. При укреплении оборонительных рубежей на реке Нейсе и восточнее города  Губен его взвод  численностью 10 человек  установил 360 противотанковых мин натяжного действия. 25 апреля 1945 года Букштынов награжден вторым Орденом Красной Звезды.

После окончания войны он объездил множество стран социалистического лагеря, чтобы отстроить разрушенные города. Участвовал в восстановлении городов Болгарии, Польши, Чехословакии.