С 20 июля по 27 сентября 1941г. воевал на Юго-Западном фронте. Совершил 13 боевых вылетов на бомбардировку войск противника.

К маю 1942г. в составе 4 дальнего разведывательного авиационного полка (командир полка майор Берман Семен Давидович, военком- батальонный комиссар Артемьев Борис Павлович).

На вооружении полк имел самолеты Пе-2, Пе-3, с лета 1942г.-  американские самолеты «Аэрокобра».

Николай Никитович воздушный стрелок-радист 2-й авиаэскадрилья полка (командир старший лейтенант Колодяжный Сергей Амвросиевич). 

На базе эскадрильи была сформирована оперативная группа полка, которая действовала с оперативного аэродрома Добринка (Тамбовская обл.) в интересах Юго-Западного и Степного фронтов. В 1942г. группой руководил старший лейтенант Гаврилов Дмитрий Дмитриевич.

Экипаж самолета Пе-2: командир- Федоров Василий Ефимович, летнаб (летчик-наблюдатель) Шелков Александр Григорьевич, воздушный стрелок-радист Боженок Николай Никитович. Самолет обслуживали: механик авиационный старший Вавилин Борис Викторович, механик авиационный Коломин Дмитрий Васильевич, моторист авиационный Завальный Алексей Афанасьевич.

Указом Президиума ВС СССР от 23 ноября 1942г. сержант Боженок был награжден медалью «За боевые заслуги».

Награжден медалью «За оборону Сталинграда».

В январе 1943г. командование полком принял подполковник Артемьев Борис Павлович.

17 июня 1943г. полк был преобразован в 98 отдельный гвардейский разведывательный авиаполк. 

11 июля 1943г. при фотографировании г.Орел самолет был атакован парой истребителей ФВ-190 (Фокке-Вульф) В воздушном бою Николай Никитович был ранен в руку, но продолжал вести огонь и подбил один истребитель. Его самолет тоже был подбит. Летчик перетянул линию фронта и совершил вынужденную посадку на горящем самолете.

24 сентября 1943г. экипаж самолета А-20-В (Дуглас-Бостон): летчик гвардии капитан Галимон Степан Игнатьевич, летнаб (летчик-наблюдатель) гвардии капитан Елинов Алфей Алфеевич, воздушные стрелки гвардии старший сержант Боженок Николай Никитович, младший сержант Песковский Дмитрий Владимирович, взлетев с аэродрома Чкаловская, выполнил разведывательный полет по маршруту Чкаловская- Можайск- Сураж- Витебск- Леозна- Вязьма- Чкаловская. 

31 мая и 01 июня 1944г. экипаж самолета А-20-В (Дуглас-Бостон): летчик гвардии капитан Галимон Степан Игнатьевич, штурман гвардии капитан Сафронов Алексей Иванович, воздушные стрелки гвардии старший сержант Боженок Николай Никитович, гвардии сержант Баранов Александр Фомич- с аэродрома Скоморохи выполнил разведку погоды по маршруту Скоморохи- Камень-Каширский- Пулавы- Демблин- Лукув- Брест- Сарны- Скоморохи.

02 июня 1944г. экипаж: летчик гвардии капитан Суворов Иван Васильевич, Сафронов, Боженок, Баранов- выполнил разведку войск противника по тому же маршруту.

12 июня экипаж Суворов, Сафронов, Боженок, Баранов- выполнил разведку районов Белосток- Бельск.

К июлю 1944г. гвардии старший сержант Коваль совершил 36 боевых вылетов на разведку, 5 из них на  самолете А-20-В.

Приказом от 18 августа 1944г. был награжден орденом Красного Знамени.

27 августа экипаж самолета Пе-2: летчик гвардии младший лейтенант Рогачев Иван Семенович, летнаб гвардии лейтенант Куян Василий Андреевич, стрелок-радист Боженок, вылетев с аэродрома Лабуне (Польша) на разведку в район Опатув- Радомско, у Опатув был атакован парой истребителей Ме-109 (Мессершмитт), был вынужден вернуться на свою территорию.

28 августа экипаж: летчик старший лейтенант Аносов Григорий Павлович, летнаб гвардии старший лейтенант Саркисян Николай Дмитриевич, стрелок-радист Боженок- выполнил разведку в районах Каменка- Лодзь- Томашув-Мазовецкий.

05 октября 1944г. командиром полка был назначен гвардии подполковник Звонцов Федор Федорович.

За время войны Николай Никитович участвовал в 42 успешных боевых вылетах на дальнюю разведку.

Приказом от 29 мая 1945г. был награжден орденом Красной Звезды.

Награжден медалями «За взятие Берлина», «За освобождение Праги», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».