Призван в ряды советской Армии в  июне 1941 г. был зачислен в ряды 1-й Гвардейской мотострелковой Московской дивизии.

Бондарчук Ф.Я. был награжден медалью «За оборону Москвы», орденом «Красной звезды», орденом «Отечественной войны II степени», орденом «Александра Невского»

С января 1942 года Бондарчук Ф.Я. воевал в рядах 57-й Гвардейской стрелковой Ново-Бугской орденов Суворова и Богдана Хмельницкого дивизии, которая принимала участие в обороне правого берега реки Северский Донец, севернее Славянска, в июле 1943 года участвовала в Изюм-Барвенковской наступательной операции (17-27 июля), а в августе-сентябре - в Донбасской стратегической наступательной операции (13 августа-22 сентября).

Командир батареи 76 мм пушек 174-й Гвардейского стрелкового полка 57-й Гвардейской стрелковой Ново-Бугской ордена Богдана Хмельницкого дивизии гвардии лейтенант Бондарчук Ф.Я. в неоднократных боях с немецкими оккупантами проявил себя инициативным и способным офицером. В боях у реки Ингул батарея под командованием Бондарчука Ф.Я. уничтожила 1 танк, 3 орудия, 4 миномета, 21 повозку с грузами, 7 автомашин, 31 огневую точку противника и до 100 человек немецких солдат и офицеров.

На плацдарме в период с 3 по 6 февраля 1945 г. артиллерией полка выведено из строя 120 солдат и офицеров противника, подбито 3 орудия, уничтожено 8 огневых точек и 2 танка противника. Гвардии старший лейтенант Бондарчук Ф.Я. удостоен ордена «Александра Невского».

В ходе Берлинской наступательной операции с 16.04.1945 г. полк Бондарчука Ф.Я. наступает. С поддержкой 7-й танковой бригады на направлении главного удара фронта с Костринского плацдарма, штурмуя Зееловские высоты, части 57-й дивизии одними из первых ворвались на высоты и 17.04.1945 в город Зеелов, вели бои в центре города. Затем дивизия форсировала Шпрее, через аэродром Темпельхоф к исходу 26.04.1945 ворвалась в Берлин, вышла в центр города к Тиргартену