Боевое крещение Степан Бегаев получил на финской. И когда служба подходила к концу, вдруг это страшное слово война… Ворвавшаяся в его жизнь война безжалостно, властно перечеркивает все его мечты на три с лишним года. На передовой с первых дней войны в составе Центрального фронта. На территории Белоруссии – жестокие кровопролитные бои, затем отступление. В боях за Москву  был ранен в голову. Три месяца госпиталя, и на передовую. В 1943 г.вернулся в родное село Лазарево Тюхтетского района.  Работал председателем сельсовета отдавал делу все силы.

Был представлен к ордену Красной звезды.