В период оккупации фашистами Северного Кавказа принимал активное участие в партизанском движении на Ставрополье в составе партизанского отряда «Борис». Был участником центрального сражения партизанских отрядов при освобождении Ачикулака, а после освобождения края он участвовал в восстановлении Советской власти в Туркменском районе, а затем был отозван из органов МВД и назначен прокурором района. 

Упоминает Юсуфа Мамураевича маршал А.А. Гречко в своей книге «Годы войны», стр. 320:

« … Партизаны сражались храбро и самоотверженно. Вот один пример. В районе села Урожайное противник зашёл в тыл 10й кавалерийской дивизии с северо-востока и со стороны Урожайного. Партизанский полк оказался на северо-восточной окраине села. Рано утром со стороны Левокумского начали атаку 7 вражеских танков. Для большинства партизан это была первая встреча с танками. Исключительную выдержку проявил расчёт противотанковых ружей бойцов Трофимова и Байрамукова из отряда «Борис». Двумя выстрелами они подбили танк. Потеряв до двух десятков автоматчиков, гитлеровцы откатились». 

В сентябре 1943 года был переведён на работу в Карачаевскую Автономную область на должность заместителя прокурора области по спец. делам, где проработал до 2 ноября 1943 года. Это чёрная дата для всего карачаевского народа. О том, что происходило в эти жуткие дни, рассказывает боевой товарищ ЮСуфа Мамураевича Я.Д. Трофимов, который работал в НКВД Карачаевской Автономной области:

«С октября 1943 года в область стали стягивать войска НКВД под предлогом переформирования для отправки на фронт. Внешний вид солдат и офицеров этих подразделений вызывал некоторое недоумение: все солдаты были одеты с иголочки, оружие новое, как будто готовятся к параду, а не к отправке на передовую. Сосредоточили большое количество машин, и всё это было собрано не в одном месте, а в непосредственной близости к населённым пунктам, где проживали карачаевцы. Ни в одном абазинском или черкесском ауле войск не было. Всё было так засекречено, что даже работники НКВД и прокуратуры ничего не знали.

Поздно вечером 1 ноября 1943 года всех ответственных работников созвали к первому секретарю ВКП (б) области Токаеву. На этом совещании Токаев объявил, что завтра утром, согласно решению ГКО, будут депортированы карачаевские националисты и изменники Родины. Стало ясно, что изменниками Родины ГКО считает весь карачаевский народ.

После выступления Токаева Юсуф Мамураевич встал, подошёл к столу первого секретаря и выложил на его стол пистолет, автомат ППШ и служебное удостоверение.

-Если вы приняли такое решение, товарищ Байрамуков, то кладите на стол и партийный билет, - вспылил Токаев.

-Партбилета вы от меня не дождётесь. Я его получал в боевой обстановке и вам его оставлять не собираюсь, а удостоверение мне не нужно, я поеду туда, куда будет выслан мой народ.

После этих слов Юсуф вышел из кабинета. Мне стало страшно. Я не надеялся, что после того, что произошло в кабинете первого секретаря, Юсуфа оставят в живых, ведь в те времена расстреливали и за куда меньшие провинности.

Совещание закончилось далеко за полночь. А в то время войско под командованием своих офицеров сгоняло со всех аулов всё карачаевское население области на центральную площадь города Микоян-Шахара. Площадь была оцеплена автоматчиками с собаками. В кольце оцепления находились в основном старики, женщины, дети. В руках скромные пожитки, ведь на сборы давали до 20 минут. Что можно собрать за это время? Нас, работников местного НКВД, к мероприятиям, слава богу, не привлекали. Около 7 часов утра я увидел Юсуфа. Он прошёл сквозь оцепление и стал среди своих земляков. Одет он был легко, ничего в руках не было. Я послал свою жену в общежитие, где у Юсуфа была комнатка. Она наскоро постирала кое какое бельё Юсуфа, где-то достала два куска сыра и хлеба. Связав всё это в узелок, она как русская, прошла сквозь оцепление, отдала узелок Юсуфу. Они обнялись, и ей пришлось покинуть оцепление, так как началась погрузка в автомашины. Со 2 ноября 1943 года и до мая 1975 года я ничего не знал о моём боевом товарище»