В июне 1941 года Петр Федорович был мобилизован в ряды Красной Армии на защиту Родины. Воевал в составе 390-го стрелкового полка Белорусского фронта рядовым стрелком. Был взаят в плен и находился в плену до 1943 года. С ноября 1943 года по апрель 1944 года сражался в партизанском отряде имени Хрущёва в качестве стрелка-разведчика. В апреле 1944 года он был уволен в запас. За участие в боевых действиях Башкатов П. Ф. награжден орденом Отечественной войны II степени, медалями: "За победу над Германией", юбилейными.