Его жена Анна Николаевна Бакшеева (Молодова), родилась в Харовском районе, Вологодской обл., 23.02.1911 г. жила и работала в п. Тургеевский, г. Архангельска, умерла в 1981 году, в п. Тургеевский, г. Архангельска.

Брат Михаила - Иван Степанович, 1914 года рождения, жил и работал в г. Северодвинске. Сестра Михаила - Татьяна Степановна Данилова жила в г. Архангельске на пл. Победы, д.2, кв. 29. Работала в медицинском институте.

Сын Михаила Степанович Бакшеев Борис Михайлович - рождения 01.03.1936 г., умер 22.02.2018 года. Борис Михайлович был женат на Валентине Федоровне Бакшеевой (Курсовой), они родили двух дочерей: Наташу и Елену. Все они: Борис Михайлович, Валентина Федоровна, Наталья и Лена являются членами одной трудовой династии - династии корабелов "Северного машиностроительного предприятия" в городе Северодвинске, Архангельской области.

Правнучка Михаила Степановича (дочь Наташи) дочь Клавдия Федоровна Соснина - старшина контрактной службы, солистка духового оркестра Беломорской базы Северного флота. Правнук Михаила Степановича (сын Наташи) Федор Федорович Соснин - энергетик Тепловой генерирующей компании №2 (ТГК-2). Сыновья Елены Борисовны, правнуки Михаила Степановича - Вадим Андреевич и Даниил Андреевич - служащие Северного флота.