В 1937 г. был призван в 63-ий погран. отряд в Ленинске-на-Амуре Хабаровского края. В 1938 году принимал участие в боях у озера Хасан. До сентября 1942 служил в том же погран. отряде в должности помощника начальника штаба. Затем в составе 70-й ударной армии 30-ого Хасанского стрелкового полка, вошедшего в состав 102-й дивизии под командованием генерал-майора Андреева, прошел учения в г. Свердловске. В декабре 1942-ого года, уже став лейтенантом, принял первые бои за г. Елец, где получил первое осколочное ранение под лопатку. Участник Курской битвы.
Помощник начальника штаба лейтенант Бабенко занимался разработкой операцией за освобождение Ливны, Касторной, Севска, Льгова и других городов. За взятие Новогород-Севска в 1943 году был удостоен ордена «Красной звезды». За участие в Курской битве награжден медалью «За боевые заслуги». Был участником операции «Багратион» при форсировании р. Друть, за что получил орден «Красного знамени». Лично встречался с Г.К. Жуковым и А.М. Василевским. Прошел с боями через всю Белоруссию, освобождал города Барановичи, Гомель и Бобруйск. В летнюю кампанию 1944 года старший лейтенант Бабенко в составе 48-й армии командовал стрелковым батальоном.
Летом 1944 года на подступах к польскому городу Рожан был тяжело ранен в голову, контужен, после чего пролежал месяц в госпитале. После выздоровления в октябре 1944 г. был зачислен на курсы Школы усовершенствования офицерского состава «Выстрел» в г. Ульяновск, где проучился до 9 мая 1945-ого года. По окончании Школы «Выстрел» в звании капитана был направлен во внутренние войска МВД, где прослужил до 1956 года. В 1985 году награжден орденом «Отечественной войны» 2-й степени.