В 1939 году в возрасте 23 года попал под воинскую повинность в Красную армию, а так как умел водить, то на распределении попал к танкистам. Являлся механиком-водителем боевых машин и слесарем-монтажником в ремонтной части. Участвовал во многих военных операция, таких как: прорыв линии Маннергейма в 1940 году, битва под Ельней в 1941 году, оборона Сталинграда в 1942-1943 годах, взятие Кенигсберга в 1945 году. 

Имеет несколько наград и медалей, таких как: медаль «За оборону Сталинграда», медаль «За боевые заслуги», медаль «За взятие Кенигсберга», медаль «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941—1945 гг.». Так же имеет Орден Красной Звезды и Орден Отечественной войны I степени. На этом военная компания Авдеенко М.С. не кончается, его отправляют служить в Иран до 1947 года.