В 1939 году был призван в ряды Красной армии, и когда родные уже ждали солдата домой, началась Великая Отечественная война.

Зайрага Атаев прошел долгими суровыми дорогами войны до самого Берлина. Воевал он в составе войскового соединения 04669. Рота под командованием лейтенанта Атаева форсировала Днепр. Именно им было приказано любой ценой захватить плацдарм и удержать его до наступления наших войск. От целой роты осталось в живых всего несколько человек, но плацдарм рота Атаева удержала. За мужество и героизм, проявленный в этом бою, Зайрага Кадырагаевич Атаев был награжден Орденом Отечественной войны II степени.

В феврале 1945 году З. Атаев был ранен, но через месяц вновь вернулся в строй. Дошел до Берлина и, одним из первых, был награжден медалью "За взятие Берлина".