С началом Великой Отечественной войны был мобилизован на военную службу и находился на линии фронта в составе 363-й отдельной зенитной батареи 294-й стрелковой дивизии с 20 июля 1941г. по 8 ноября 1942г. С ноября 1942г. по июль 1943г. он учился в 1-м Ростовском артиллерийском училище, по окончании которого получил звание лейтенанта. Затем Евдоким Николаевич находился на 2-м Украинском фронте, где командовал огневым взводом 45-го отдельного гвардейского истребительного противотанкового артдивизиона 42-й гвардейской стрелковой дивизии, а с декабря 1944 года по апрель 1946 года командовал батареей той же дивизии. С 1944 года по 1945 год участвовал в боях за освобождение таких стран как Румыния, Венгрия, Чехословакия.

За боевые заслуги был награжден орденами Отечественной войны 1 степени, Красной Звезды и медалями "За отвагу" и "За победу над Германией".